Sistem akuntansi keuangan merupakan sistem akuntansi yang menghasilkan laporan keuangan pokok untuk tujuan umum (general purpose). Tujuan dari laporan keuangan adalah sebagai berikut:

1. Akuntabilitas, yaitu mempertanggungjawabkan pengelolaan sumber daya serta pelaksanaan kebijakan yang dipercayakan kepada BLUD dalam mencapai tujuan yang telah ditetapkan.
2. Manajemen, yaitu membantu para pengguna untuk mengevaluasi pelaksanaan kegiatan BLUD dalam periode pelaporan sehingga memudahkan fungsi perencanaan, pengelolaan, dan pengendalian atas seluruh penerimaan, pengeluaran, aset, kewajiban, dan ekuitas BLUD untuk kepentingan stakeholders.
3. Transparansi, yaitu memberikan informasi keuangan yang terbuka dan jujur kepada masyarakat berdasarkan pertimbangan bahwa masyarakat memiliki hak untuk mengetahui secara terbuka dan menyeluruh atas pertanggungjawaban BLUD dalam pengelolaan sumber daya yang dipercayakan kepadanya dan ketaatannya pada peraturan perundang-undangan.

Sistem akuntansi keuangan mencakup hal-hal sebagai berikut:

1. Kebijakan akuntansi, meliputi pilihan prinsip-prinsip, dasar-dasar, konvensi, peraturan dan prosedur yang digunakan BLUD dalam penyusunan dan penyajian laporan keuangan.
2. Sub sistem akuntansi, merupakan bagian dari sistem akuntansi. Contohnya adalah sub sistem penerimaan kas, sub sistem pengeluaran kas, dsb.
3. Prosedur akuntansi, adalah prosedur yang digunakan untuk menganalisa, mencatat, mengklasifikasi dan mengikhtisarkan informasi untuk disajikan di laporan keuangan.
4. Bagan Akun Standar (BAS), merupakan daftar perkiraan buku besar yang ditetapkan dan disusun secara sistematis oleh pemimpin BLUD untuk memudahkan perencanaan, penganggaran, pelaksanaan anggaran serta akuntansi dan pelaporan keuangan. Untuk tujuan konsolidasi laporan keuangan BLUD dengan laporan keuangan pemerintah daerah.

Panduan penyusunan laporan keuangan pokok Pola Pengelolaan Keuangan BLUD yang dikeluarkan oleh Kementerian Dalam Negeri Direktorat Jenderal Keuangan Daerah.

Referensi :Peraturan Pemerintah No. 71 Tahun 2010 tentang Standar Akuntansi Pemerintah (SAP)