Dengan mengacu pada Pasal 32 ayat (2) Peraturan Pemerintah Nomor 23 Tahun 2005 dan Pasal 6 ayat (2) Peraturan Menteri Dalam Negeri 79 Tahun 2018, Kepala UPT Puskesmas bertindak sebagai Pemimpin BLUD Puskesmas. Adapun pengangkatan dan pemberhentian Pemimpin BLUD adalah sebagai berikut:

1. Pemimpin BLUD Puskesmas diangkat dan diberhentikan oleh Kepala Daerah.
2. Pemimpin BLUD Puskesmas bertanggungjawab kepada Kepala Daerah.
3. Pemimpin BLUD diangkat dari pegawai negeri sipil dan/atau pegawai pemerintah dengan perjanjian kerja, sesuai dengan ketentuan perundang-undangan.
4. BLUD Puskesmas dapat mengangkat pemimpin BLUD dari profesional lainnya sesuai dengan kebutuhan profesionalitas, kemampuan keuangan dan berdasarkan prinsip efisiensi, ekonomis dan produktif falam meningkatkan pelayanan.
5. Pemimpin BLUD Puskesmas yang berasal dari tenaga profesional lainnya dapat dipekerjakan secara kontrak atau tetap.
6. Pemimpin BLUD Puskesmas dari tenaga profesisonal lainnya diangkat untuk masa jabatan paling lama 5 tahun dan dapat diangkat kembali untuk 1 kali periode masa jabatan berikutnya jika paling tinggi berusia 60 tahun.

Adapun Fungsi Pemimpin BLUD adalah sebagai penanggungjawab umum operasional dan keuangan di Puskesmas. Pemimpin BLUD bertindak selaku Kuasa Pengguna Anggaran (KPA). Dalam hal pemimpin BLUD tidak berasal dari Pegawai Negeri Sipil (PNS) maka pejabat keuangan ditunjuk sebagai Kuasa Pengguna Anggaran/Kuasa Pengguna Barang.

Tugas Pemimpin BLUD adalah:

1. Memimpin, mengarahkan, membina, mengawasi, dan mengendalikan penyelenggaraan kegiatan BLUD agar lebih efisien dan produktif.
2. Merumuskan penetapan kebijakan teknis BLUD serta kewajiban lainnya sesuai dengan kebijakan yang telah ditetapkan Kepala Daerah.
3. Menyusun Rencana Strategis.
4. Menyiapkan RBA.
5. Mengusulkan calon pejabat keuangan dan pejabat teknis kepada kepala daerah sesuai dengan ketentuan.
6. Menetapkan pejabat lainnya sesuai degnan kebutuhan BLUD selain pejabat yang telah ditetapkan dengan peraturan perundang-undangan.
7. Mengoordinasikan pelaksanaan kebijakan BLUD yang dilakukan oleh pejabat keuangan dan pejabat teknis, mengendalikan tugas pengawasan internal, serta menyampaikan dan mempertanggungjawabkan kinerja operasional serta keuangan BLUD kepada Kepala Daerah.
8. Tugas lainnya yang ditetapkan oleh kepala daerah sesuai kewenangannya.