Alur akuntansi dan laporan keuangan Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) dilaksanakan sesuai dengan standar akuntansi pemerintahan. Oleh karena itu BLUD akan menyusun Laporan keuangan BLUD yang terdiri dari neraca, laporan operasional, laporan realisasi anggaran, laporan perubahan ekuitas, laporan perubahan saldo anggaran lebih (SAL), laporan arus kas, dan catatan atas laporan keuangan yang selanjutkan akan diaudit oleh pemeriksa eksternal 

Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 79 Tahun 2018 pasal 99 menyatakan bahwa Laporan Keuangan BLUD akan diaudit oleh pemeriksa eksternal pemerintah. Pemeriksa eksternal tersebut bertindak sebagai auditor eksternal yaitu Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) dan Badan Pengawas Keuangan dan Pembangunan (BPKP). BPK memiliki kebebasan dan kemandirian dalam ketiga tahap pemeriksaan, yakni perencanaan, pelaksanaan, dan pelaporan hasil pemeriksaan. Kriteria penilaian dan pemberian opini oleh auditor eksternal adalah sebagai berikut:

1. Wajar Tanpa Pengecualian

Opini audit ini menyatakan bahwa laporan keuangan telah disajikan dan diungkapkan secara wajar dan cukup, dalam semua hal yang material. Dengan kata lain, informasi keuangan yang disajikan dan diungkapkan dalam laporan keuangan dapat digunakan oleh para pengguna laporan keuangan.

1. Wajar Dengan Pengecualian

Opini audit ini menyatakan bahwa laporan keuangan telah disajikan dan diungkapkan secara wajar dan cukup, dalam semua hal yang material, kecuali untuk dampak hal-hal yang berhubungan dengan yang dikecualikan. Dengan kata lain, informasi keuangan yang disajikan dan diungkapkan dalam laporan keuangan ”yang tidak dikecualikan dalam opini pemeriksa” dapat digunakan oleh pengguna laporan keuangan.

1. Tidak Wajar

Opini audit ini menyatakan bahwa laporan keuangan tidak disajikan dan diungkapkan secara wajar dan cukup, dalam semua hal yang material. Dengan kata lain, informasi keuangan yang disajikan dan diungkapkan dalam laporan keuangan tidak dapat digunakan oleh para pengguna laporan keuangan.

1. Tidak Menyatakan Pendapat

Opini audit ini menyatakan bahwa laporan keuangan tidak dapat diperiksa sesuai dengan standar pemeriksaan. Dengan kata lain, pemeriksa tidak dapat memberikan keyakinan bahwa laporan keuangan bebas dari salah saji material. Dengan demikian, informasi keuangan yang disajikan dan diungkapkan dalam laporan keuangan tidak dapat digunakan oleh para pengguna laporan keuangan.