RSUD memiliki berbagai formulasi strategi yang kemudian diimplementasikan pada aktivitas atau kinerja RSUD. Setelah pengimplementasian dari strategi tersebut langkah penting yang harus dilakukan adalah evaluasi untuk mengukur dan menilai apakah kinerja organisasi telah sesuai dengan strategi yang telah diformulasikan sebelumnya dan melakukan pembenahan atas pencapaian kinerja yang belum maksimal guna mempertahankan kinerja agar tetap sejalan dengan tujuan yang hendak dicapai oleh organisasi tersebut.

Menurut penelitian secara  umum,  tidak  ada  perbedaan  strategi  antara  sebelum  dan sesudah  BLUD  yang  berbeda  adalah  pada  persentase  target  yang  harus  dicapai. Namun  dalam  mengimplementasikan  strategi  perusahaan  guna  mewujudkan tujuan yang telah ditetapkan, organisasi sering menghadapi hambatan atau bahkan kegagalan.  Untuk  mengatasi  berbagai  hambatan  yang  terjadi  tersebut  diperlukan alat  komunikasi  yang  komprehensif  dalam  mewujudkan  tujuan  organisasi. Dengan demikian, evaluasi merupakan suatu tindakan yang penting dilakukan untuk  mengetahui  apakah  kinerja  organisasi  telah  sesuai  dengan  strategi  yang telah ditetapkan sebelumnya dan menjaga agar kinerja tetap sesuai dengan tujuan yang  ingin  dicapai.

Pengukuran  kinerja  suatu  organisasi  seharusnya  tidak  hanya diukur berdasarkan aspek finansial tetapi juga aspek nonfinansial. Hasil  penelitian  menunjukkan  bahwa  kinerja  Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) sebelum  dan  setelah menjadi BLUD  mengalami peningkatan,  kinerja  keuangan  meningkat  secara  melampaui target  dan  kinerja  non keuangan  sebagian  besar  meningkat  dan  dapat  mencapai target  yang  ditetapkan.

Rumah Sakit Umum Daerah masih  mengalami  kendala,  kendala  internal meliputi   keterbatasan   kuantitas   sumber   daya   manusia   dan   tenaga   medis, keterbatasan  sarana  dan  prasarana  serta  infrastruktur,dan  sistem  pengendalian internal  yang  masih  lemah.  Kendala  eksternal  meliputi  perbedaan  pemahaman aturan  pelaporan  BLUD  antara  pemda  dan  permendagri  dan  masih  mengalami alur   birokrasi   yang   rumit. Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) selalu berupaya untuk semakin memperbaiki kinerja melalui berbagai program  kerja untuk mengatasi kekurangannya  dan  turut  memberikan rekomendasi  strategi  untuk meningkatkan kinerja dimasa mendatang. Dan dapat menjadi acuan untuk Rumah Sakit Daerah untuk memberikan pelayanan terbaik.