Pemimpin BLUD Puskesmas dapat membentuk Satuan Pengawasan Internal yang merupakan aparat internal puskesmas untuk pengawasan dan pengendalian internal terhadap kinerja pelayanan keuangan dan pengaruh lingkungan sosial dalam menyelenggarakan Praktek Bisnis yang Sehat.

Satuan Pengawasan Internal dipimpin oleh seorang ketua yang bertanggungjawab secara langsung di bawah Pemimpin BLUD Puskesmas, dengan mempertimbangkan:

1. Keseimbangan antara manfaat dan beban;
2. Kompleksitas manajemen; dan
3. Volume dan/atau jangkauan pelayanan.

Satuan Pengawasan Internal terdiri dari tim audit bidang administrasi dan keuangan, tim auudit bidang pelayanan medis, serta tim audit bidang kesehatan masyarakat sesuai dengan kebutuhan puskesmas.

Satuan Pengawasan Internal melaksanakan audit secara rutin terhadap seluruh unit kerja di lingkungan puskesmas meliputi bidang administrasi dan keuangan, bidang pelayanan medis, dan bidang kesehatan masyarakat.

Tugas Satuan Pengawasan Internal adalah membantu manajemen Puskesmas untuk:

1. Pengamanan harta kekayaan;
2. Menciptakan akurasi sistem informasi keuangan;
3. Menciptakan efisiensi dan produktivitas; dan
4. Mendorong dipatuhinya kebijajkan manajemen dalam penerapan Praktek Bisnis yang Sehat.

Fungsi Satuan Pengawasan Internal:

1. Membantu Pemimpin BLUD Puskesmas dalam melakukan pengawasan internal puskesmas.
2. Memberikan rekomendasi perbaikan untuk mencapai sasaran puskesmas secara ekonomis, efisien, dan efektif.
3. Membantu efektivitas penerapan tata kelola di puskesmas.
4. Menangani permasalahan yang berkaitan dengan indikasi terjadinya KKN yang menimbulkan kerugian puskesmas dengan unit kerja terkait.

Kewenangan Satuan Pengawasan Internal:

1. Mendapatkan akses secara penuh dan tidak terbatas terhadap unit-unit kerja puskesmas, aktivitas, catatan-catatan, dokumen, personel, aset puskesmas, serta informasi relevan lainnya.
2. Menetapkan ruang lingkup kerja dan menerapkan teknik-teknik audit.
3. Memperoleh bantuan, dukungan, maupun kerjasjama dari personel unit kerja yang terkait, terutama dari unit kerja yang diaudit.
4. Mendapatkan kerjasama penuh dari seluruh unsur Pejabat Pengelola Puskesmas.
5. Mendapatkan dukungan sumberdaya yang memadai untuk keperluan tugasnya.
6. Mendapatkan bantuan dari tenaga ahli, baik dari dalam maupun luar puskesmas, sepanjang hal tersebut diperlukan dalam pelaksanaan tugasnya.