Pemimpin BLUD Puskesmas dapat membentuk Satuan Pengawasan Internal yang merupakan aparat internal puskesmas untuk pengawasan dan pengendalian internal terhadap kinerja pelayanan, keuangan dan pengaruh lingkungan sosial dalam menyelenggarakan Praktek Bisnis Yang Sehat. Satuan Pengawasan Internal dipimpin oleh seorang ketua yang bertanggung jawab secara langsung di bawah Pemimpin BLUD Puskesmas dengan mempertimbangkan beberapa hal diantaranya keseimbangan antara manfaat dan beban, kompleksitas manajemen, serta volume dan/atau jangkauan pelayanan.

Satuan Pengawasan Internal terdiri dari tim audit bidang administrasi dan keuangan, tim audit bidang pelayanan medis, serta tim audit bidang kesehatan masyarakat sesuai dengan kebutuhan puskesmas.

Satuan Pengawasan Internal melaksanakan audit secara rutin dan menyeluruh terhadap seluruh unit kerja di lingkungan puskesmas meliputi bidang administrasi keuangan bidang pelayanan medis, dan bidang pelayanan kesehatan masyarakat. Adapun fungsi dari SPI antara lain, membantu pemimpin BLUD Puskesmas dalam melakukan pengawasan internal puskesmas; memberikan rekomendasi perbaikan untuk mencapai sasaran puskesmas secara ekonomis, efisien dan efektif; membantu efektivitas penerapan tata kelola di puskesmas; dan menangani permasalahan yang berkaitan dengan indikasi terjadinya KKN (Kolusi, Korupsi, dan Nepotisme) yang menimbulkan kerugian puskesmas sama dengan unit kerja terkait.

Pembahasan Satuan Pengawasan Internal terdapat di dalam Permendagri No 79 Tahun 2018 pada pasal 13-14 yang merupakan unsur dari Pembina dan pengawas Badan Layanan Umum Daerah.