Struktur organisasi UPTD sebelum menjadi BLUD sesuai dengan peraturan daerah yang berlaku. Misalkan pada UPTD Puskesmas. Struktur organisasi Puskesmas terdiri dari kepala Puskesmas, kepala Tata Usaha dan kepala bidang/program. Perlu diketahui bahwa struktur organisasi sebelum dan setelah BLUD berbeda. Setelah Puskesmas ditetapkan menjadi BLUD, struktur organisasi yang berlaku disesuaikan dengan amanat dari Permendagri Nomor 61 Tahun 2007 Pasal 34. Setelah menjadi BLUD harus memiliki pejabat pengelola BLUD, yang terdiri dari Pemimpin BLUD, Pejabat Keuangan dan Pejabat Teknis.

Permasalahan yang sering muncul adalah penunjukkan pejabat pengelola BLUD. Selanjutnya dalam Permendagri Nomor 61 Tahun 2007 Pasal 35 disebutkan bahwa penujukkan pejabat pengelola BLUD harus sesuai dengan kompetensi yang dibutuhkan di masing-masing jabatan untuk menerapkan praktik bisnis yang sehat. Karena itu Puskesmas yang sudah menjadi BLUD dapat membuat struktur organisasi setelah BLUD menjadi sebagai berikut:

1. Kepala Puskesmas, setelah BLUD menjadi Pemimpin BLUD
2. Kepala Tata Usaha, setelah BLUD menjadi Pejabat Keuangan
3. Kepala Bidang/Program, setelah BLUD menjadi Pejabat Teknis

Pejabat pengelola BLUD yang sudah ditunjuk akan diangkat dan diberhentikan oleh Kepala Daerah. Pengangkatan dan pemberhentian ini dituangkan dalam SK Bupati atau Walikota. Hal ini dikarenakan pemimpin BLUD bertanggungjawab langsung kepada kepala daerah melalui sekretaris daerah. Sedangkan pejabat keuangan dan pejabat teknis bertanggungjawab langsung kepada pemimpin BLUD.

Masing-masing pemimpin BLUD memiliki tugas dan fungsi masing-masing yang sudah diatur dalam Permendageri Nomor 61 Tahun 2007 Pasal 37, 38, 39. Tugas dan fungsi pejabat pengelola BLUD tersebut dituangkan dalam Peraturan Kepala Daerah tentang Pola Tata Kelola BLUD Puskesmas yang diajukan Puskesmas sewaktu pengajuan menjadi BLUD. Dalam perkada yang diajukan oleh Puskesmas tersebut juga melampirkan susunan struktur organisasi Puskesmas setelah menjadi BLUD.

Pemimpin BLUD Puskesmas merupakan pejabat kuasa pengguna anggaran/barang daerah pada SKPD induknya yaitu Dinas Kesehatan. Pemimpin BLUD dibolehkan tidak berstatus PNS. Namun pejabat keuangan BLUD wajib berstatus PNS. Apabila pemimpin BLUD bukan PNS, maka yang bertanggungjawab menjadi kuasa pengguna anggaran/barang daerah pada SKPD induknya adalah pejabat keuangan.

Sumber :

http://blud.co.id/wp/2018/08/perubahan-struktur-organisasi-setelah-blud/