BLUD menjadi salah satu alternatif dalam pengelolaan keuangan yang menarik bagi beberapa daerah dan hal tersebut merupakan salah satu keistimewaan dari BLUD.

Namun dalam menjalankan BLUD sendiri tidaklah mudah dan pasti ada beberapa permasalahan yang ada di dalamnya. Berikut berbagai macam permasalahan dalam pengelolaan BLUD menurut artikel dari website Kementerian Dalam Negeri antara lain:

1.Ada Persyaratan Tertentu yang Perlu Dipenuhi sebelum Menjadi BLUD

Adanya fleksibilitas dalam penerapan BLUD membuat BLUD menjadi salah satu alternatif dalam pengelolaan keuangan, tetapi dalam perjalanannya dalam menerapkan BLUD itu tidak mudah.

Terdapat persyaratan yang harus dipenuhi oleh SKPD atau unit kerja antara lain persyaratan substantif, teknis, dan administratif.

2.Lingkungan

Kendala dalam lingkungan ada dua yaitu internal dan eksternal. Kendala lingkungan internal BLUD misalnya terbatasnya kualitas dan kuantitas sumber daya manusia yang memahami operasional BLUD, sedangkan kendala di lingkungan eksternal adalah berasal dari Kepala Daerah, Ketua/Anggota DPRD, pejabat di lingkungan Sekretariat Daerah seperti Biro/Bagian Umum, Biro/Bagian Organisasi, Biro/Bagian Ekonomi Pembangunan, pejabat di lingkungan Badan Perencanaan Pembangunan Daerah (BAPPEDA), Pejabat Pengelola Keuangan Daerah (PPKD), pejabat di lingkungan Inspektorat Daerah, dan SKPD lain yang terkait dalam penerapan BLUD, ada yang belum memahami esensi, makna dan operasional dalam penerapan BLUD.

3.Kurang Pemahaman tentang Implementasi BLUD

Salah satu kendala penerapan BLUD adalah kurangnya pemahaman terhadap BLUD, seperti:

1. Status BLUD bertahap
2. BLUD dipersamakan dengan BUMD
3. Peran DPRD pada Penerapan BLUD

4. Mengelola Sisa Kas BLUD di Akhir Tahun Anggaran

Pada pengelolaan sisa kas akhir tahun anggaran ini masih banyak BLUD tidak menganggarkan sisa kas akhir tahun sebagai penerimaan pembiayaan penggunaan SILPA tahun sebelumnya.

Akibatnya walaupun sisa kas akhir tahun sangat besar tetapi tidak dapat dianggarkan karena tidak dianggarkan penggunaannya.

5. Ada Perbedaan Penyusunan Pedoman RBA dan Penatausahaan Keuangan BLUD di Daerah

Puskesmas, RSUD, dan UPTD lainnya yang menjadi BLUD memiliki pemahaman yang berbeda-beda mengenai metode dan panduan penyusunan RBA dan pelaksanaan penatausahaan keuangan BLUD.

Oleh karena itu, dengan institusi-institusi tersebut menjadi BLUD, diharapkan bahwa format penyusunan RBA dapat diseragamkan sehingga mengurangi kesalahpahaman dalam penyusunan RBA.

Selain itu pelaksanaan penatausahaan sebaiknya distandarkan agar ada ketertiban administrasi dan kejelasan tata kelola pengelolaan keuangan organisasi BLUD.