Pengukuran kinerja adalah tindakan pengukuran yang dilakukan terhadap berbagai aktivitas dalam rantai nilai suatu organisasi. Hasil pengukuran tersebut kemudian digunakan sebagai umpan balik yang akan memberikan informasi tentang prestasi pelaksanaan suatu rencana dan titik di mana suatu organisasi memerlukan penyesuaian-penyesuaian atas aktivitas perencanaan dan pengendalian. Pengukuran kinerja memiliki tujuan pokok yaitu untuk memotivasi karyawan dalam mencapai sasaran organisasi dan dalam mematuhi standar perilaku yang telah ditetapkan sebelumnya agar menghasilkan tindakan dan hasil yang diinginkan.

Implementasi penilaian kinerja Badan Layanan Umum (BLU) dilakukan oleh Badan Pengawas atas aspek keuangan dan non keuangan, minimal satu tahun sekali. Pada hasil evaluasi diharapkan dapat mengukur tingkat pencapaian BLU dari RBA. Evaluasi dan penilaian kinerja BLU dapat diukur dengan “balance scorecard”. Untuk kinerja keuangan dapat diukur dari pencapaian indikator-indikator keuangan yang telah ditetapkan pada perencanaan (Rencana Strategi Bisnis). Indikator ini tidak selalu berbicara mengenai berapa pendapatan yang bisa diperoleh BLU dalam melayani masyarakat, namun juga seberaoa efisien proses yang dilakukan. Selain faktor itu, ada juga data atau dokumen dari hasil pemeriksaan kinerja atas efektivitas pengelolaan pelayanan masyarakat yang diperiksa oleh Badan Pengawas.

Pedoman penilaian kinerja BLU Bidang Layanan Kesehatan adalah Peraturan Direktur Jenderal Perbendaharaan Nomor 36/PB/Tahun 2016. Adapun ruang lingkup penilaian kinerja BLU meliputi penilaian aspek keuangan dan pelayanan. Penilaian aspek keuangan dilakukan berdasarkan data Laporan Keuangan dan kepatuhan terhadap peraturan perundang-undangan mengenai pengelolaan keuangan BLU, yang telah disampaikan kepada Menteri Keuangan; Direktur Jenderal Perbendaharaan. Kepatuhan pengelolaan keuangan BLU diukur melalui:

1. Penyusunan dan penyampaian Rencana Bisnis dan Anggaran (RBA) Definitif;
2. Penyusunan dan penyampaian Laporan Keuangan BLU Berdasarkan Standar Akuntansi Keuangan;
3. Penyampaian Surat Perintah Pengesahan Pendapatan dan Belanja BLU;
4. Persetujuan Tarif Layanan;
5. Penetapan Sistem Akuntansi;
6. Persetujuan Pembukaan Rekening;
7. Penyusunan Standard Operating Procedures Pengelolaan Kas.

Sementara aspek pelayanan dilakukan berdasarkan data/hasil perhitungan layanan BLU pada tahun yang akan dinilai dan disampaikan oleh menteri/pimpinan lembaga/pemimpin BLU kepada Menteri Keuangan; Direktur Jenderal Perbendaharaan. Adapun data / hasil perhitungan tersebut disampaikan paling lamba akhir semester 1 anggaran tahun berikutnya.