Satuan Kerja Perangkat Daerah (SKPD) dan Unit Kerja yang telah menerapkan status sebagai Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) memiliki pola pengelolaan keuangan yang berbeda dengan SKPD dan Unit Kerja yang belum menerapkan status BLUD. Pola pengelolaan keuangan yang selanjutnya disebut PPK BLUD memiliki fleksibilitas dalam mengelola pendapatan untuk dikeluarkan sebagai biaya sesuai dengan kebutuhan BLUD. Sebelumnya, setiap pendapatan yang diterima harus disetorkan ke kas daerah sebagai Lain-lain Pendapatan Asli Daerah (PAD) yang Sah. Kemudian jika SKPD maupun Unit Kerja tersebut akan melakukan pengeluaran / belanja, SKPD maupun Unit Kerja harus mengajukan ke Pemerintah Daerah yang membawahi untuk melakukan persetujuan dan pencarian dana.

Banyaknya prosedur yang harus dilalui dalam melakukan pengelolaan keuangan/ barang dapat memperlambat kinerja dan pelayanan sehingga berdasarkan Peraturan Menteri Dalam Negeri (Permendageri) Nomor 61 Tahun 2007, tujuan penerapan PPK BLUD adalah untuk meningkatkan kualitas pelayanan kepada masyarakat untuk mewujudkan penyelenggaraan tugas-tugas pemerintah dan/ atau pemerintah daerah dalam memajukan kesejahteraan  umum dan mencerdaskan kehidupan bangsa. Dalam melaksanakan kegiatannya, BLUD harus mengutamakan efektivitas dan efisiensi serta kualitas pelayanan umum kepada masyarakat tanpa mengutamakan pencarian keuntungan. Status hukum BLUD tidak terpisah dengan pemerintah daerah, sehingga rencana kerja dan anggaran serta laporan keuangan dan kinerja BLUD disusun dan disajikan sebagai bagian yang tidak terpisahkan dari rencana kerja dan anggaran serta laporan keuangan dan kinerja pemerintah daerah.