Dalam pelaksanaannya sebagai BLUD, puskesmas diwajibkan untuk melaporkan laporan keuangannya di setiap periode. Dalam pelaporan keuangan tersebut puskesmas harus melaporkan dengan standar akuntansi yang baik. Oleh karena itu puskesmas yang telah menjadi BLUD laporan keuangannya harus disusun dengan memperhatikan:

1. Basis Akuntansi

BLUD harus menyusun laporan keuangan dengan menggunakan dasar akrual (accrual basis). Dalam akrual basis aset, kewajiban, pendapatan dan biaya diakui pada saat terjadinya. Jadi, pencatatan harus dilakukan ketika suatu transaksi terjadi walaupun penerimaan atau pengeluaran kas atau setara kas belum dilakukan oleh BLUD. Biaya segera diakui dalam laporan operasional jika pengeluaran tidak menghasilkan manfaat ekonomi masa depan atau sepanjang manfaat ekonomi masa depan tidak lagi memenuhi syarat untuk diakui dalam neraca sebagai aset.

2. Dasar Pengukuran

Dasar pengukuran yang umum adalah biaya historis dan nilai wajar:

1. Biaya historis. Aset adalah jumlah kas atau setara kas yang dibayarkan atau nilai wajar dari pembayaran yang diberikan untuk memperoleh aset pada saat perolehan. Kewajiban dicatat sebesar kas atau setara kas yang diterima atau sebesar nilai wajar dari aset non-kas yang diterima sebagai penukar dari kewajiban pada saat terjadinya kewajiban.
2. Nilai wajar adalah jumlah yang dipakai untuk mempertukarkan suatu aset, atau untuk menyelesaikan suatu kewajiban, antara pihak-pihak yang berkeinginan dan memiliki pengetahuan memadai dalam suatu transaksi dengan wajar.

3. Prinsip Periodesitas (Accounting Period)

Prinsip ini menghendaki pembagian transaksi dan penyusunan laporan keuangan dalam periode-periode pelaporan. Hal ini untuk memudahkan pengukuran kinerja BLUD. BLUD menerbitkan laporan keuangan sekurang-kurangnya pada akhir tahun buku. Walaupun demikian, laporan keuangan triwulanan penting dibuat untuk memudahkan penilaian kinerja BLUD selama tahun berjalan.

4. Prinsip Konsistensi (Consistency)

Prinsip konsistensi menyatakan bahwa peristiwa ekonomi yang serupa seharusnya dicatat dan dilaporkan secara konsisten dari periode ke periode. Prinsip ini berimplikasi bahwa perlakuan akuntansi yang sama akan diterapkan untuk pos atau transaksi yang sama di masa datang. Namun demikian, prinsip konsistensi tidak menghalangi BLUD menerapkan perlakuan akuntansi yang berbeda apabila perlakukan ini sesuai dengan SAP dan dapat menghasilkan informasi keuangan yang lebih relevan. Perubahan akuntansi ini meliputi perubahan kebijakan akuntansi dan perubahan dalam estimasi akuntansi. Setiap perubahan tersebut harus diungkapkan dalam Catatan Atas Laporan Keuangan (CALK).

5. Prinsip Pengungkapan Lengkap (Full Disclosure)

Pengungkapan penuh mensyaratkan bahwa laporan keuangan dirancang dan dibuat untuk menggambarkan secara wajar dan tidak menyesatkan atas peristiwa ekonomi yang telah mempengaruhi BLUD untuk suatu periode sehingga laporan keuangan berguna bagi pemakainya. Semua informasi dalam laporan keuangan telah diungkapkan dengan lengkap dan benar serta tidak mengandung informasi atau fakta material yang tidak benar, dan tidak menghilangkan informasi atau fakta material.

6. Prinsip Penyajian Wajar (Fair Presentation)

Prinsip ini menekankan bahwa laporan keuangan hendaknya menyajikan secara wajar posisi keuangan, kinerja operasional, dan arus kas BLUD sesuai dengan standar akuntansi dan pelaporan keuangan yang berlaku di Indonesia serta semua aturan yang berlaku di Puskesmas