Satu agenda reformasi di bidang keuangan negara adalah dari penganggaran berbasis kinerja. Dengan berbasis kinerja ini, arah penggunaan dana pemerintah tidak lagi berorientasi pada input tetapi pada output. Pendekatan penganggaran berbasis kinera sangat diperlukan bagi satuan kerja pemerintah daerah yang memberikan pelayanan kepada publik dengan cara mewiraswastakan pemerintah yang telah diatur dalam UU No. 17/2003 tentang keuangan Negara. Selanjutnya dengan pasal 68 dan pasal 69, UU No. 1/2004 tentang Perbendaharaan Negara, instansi pemerintah yang tugas pokok dan fungsinya memberi pelayanan kepada masyarakat dapat menerapkan pola pengelolaan keuangan yang fleksibel dengan menonjolkan produktivitas, efisiensi, dan efektivitas. Sehingga sesuai dengan Pasal 2 dan 3 Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomo 192 Tahun 2014 Tentang Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan (BPKP). BPKP mempunyai peran dalam menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang pengawasan keuangan negara/daerah dan pembangunan nasional. Sejalan dengan penerapan PPK-BLUD maka BPKP yang telah secara aktif melakukan pengembangan dan pelatihan kemampuan manajemen maupun kemampuan teknis di bidang manajemen baik sektor bisnis maupun sektor publik juga melakukan pengembangan asistensi bagi satuan kerja perangkat pemerintah daerah dalam memenuhi persyaratan administrasi untuk dapat menerapkan PPK-BLUD dan tentunya dalam meningkatkan kinerja pelayanan sesuai dengan amanat PP 23 Tahun 2005 tentang PPK-BLU. Selain itu fungsi BPKP adalam mengawal akuntabilitas keuangan dalam implementasi BLUD di Rumah sakit Umum, Rumah Sakit Umum Daerah, serta Puskesmas-Puskesmas yang ada di seluruh Indonesia. Sesuai yang tercantum di dalam Permendagri 79 tahun 2019. Penganggaran BLUD mengikuti pola pengelolaan keuangan daerah dan pelaporan keuangan mengikuti Standar Akuntansi Pemerintah (SAP) sepenuhnya. Adapun perubahan lainnya adalah aturan-aturan pelaksanaan BLUD yang selama ini ditetapkan oleh Pemimpin BLUD, di Tarik menjadi kewenangan Kepala Daerah melalui Peraturan Kepala Daerah. Proses audit terhadap laporan keuangan badan usaha terdiri atas neraca, laporan laba rugi, laporan perubahan ekuitas, laporan arus kas dan catatan atas laporan keuangan dengan tujuan memberikan pendapat atas kewajaran penyajian laporan keuangan sesuai dengan standar yang berlaku.