Pengelolaan keuangan BLU/BLUD dapat diterapkan pada setiap instansi pemerintah/pemerintah daerah yang secara fungsional menyelenggarakan kegiatan yang bersifat operasional. Apabila instansi pemerintah yang menerapkan Pola Keuangan (PK) BLU/BLUD memerlukan perubahan organisasi dan struktur kelembagaan, maka perubahan tersebut berpedoman pada ketentuan yang ditetapkan oleh Menteri yang bertanggungjawab di bidang pendayagunaan aparatur negara atau SKPD yang bertanggungjawab di bidang organisasi pada pemerintah daerah.

Demi mewujudkan tata kelola Badan Layanan Umum (BLU) yang mampu meningkatkan akuntabilitas dan transparansi pengelolaan keuangan BLU serta memberikan pedoman dan standardisasi sistem pengendalian pada BLU, maka perlu diatur sistem pengendalian intern pada BLU.

Dalam PMK 200/2017, Pemimpin BLU dapat menetapkan dan melaksanakan sistem pengendalian intern, agar dapat memastikan efektivitas sistem pengendalian intern tersebut Pemimpin BLU dapat membentuk Satuan Pengawasan Intern (SPI) yang merupakan unit kerja BLU serta melaksanakan fungsi pengawasan. Pengaturan SPI pada BLU mengikuti praktik terbaik (best practice) yang sedang berkembang di dunia pengawasan intern.

Dalam pelaksanaan tugas dan standardisasi kualifikasi personilnya, SPI harus mempunyai program perencanaan tahunan, melakukan pelaporan hasil pengawasan, dan melakukan pemantauan tindak lanjut. Pelaporan SPI ditujukan kepada Pemimpin BLU dan Dewan Pengawas. Untuk menjaga profesionalisme dan independensinya, diatur syarat-syarat personel SPI serta keanggotaannya yang tidak boleh rangkap tugas dan jabatan pada unit operasional BLU. Kepala SPI harus memiliki keahlian yang memadai mengenai audit yang diakui dalam profesi auditor intern dengan mendapatkan sertifikasi profesi yang sesuai.

Persyaratan untuk diangkat sebagai anggota Dewan Pengawas adalah perseorangan yang:

1. Memiliki integritas, dedikasi, dan memahami masalah-masalah yang berkaitan dengan kegiatan BLU/BLUD, serta dapat menyediakan waktu yang cukup untuk melaksanakan tugasnya.
2. Mampu melaksanakan perbuatan hukum dan tidak pernah dinyatakan pailit atau tidak pernah menjadi anggota direksi atau komisaris atau dewan pengawas yang dinyatakan bersalah sehingga menyebabkan suatu badan usaha pailit, atau oran yang tidak pernah dihukum karena melakukan tindak pidana yang menyrbabkan kerugian Negara.

Dewan Pengawas adalah organ BLU/BLUD yang bertugas melakukan pengawasan terhadap pengelolaan BLU/BLUD. Dewan Pengawas BLU di lingkungan pemerintah pusat dibentuk dengan Keputusan Menteri/Pimpinan Lembaga/Ketua Dewan Kawasan atas persetujuan Menteri Keuangan. Dewan Pengawas BLUD di lingkungan pemerintah daerah dibentuk dengan keputusan gubernur/bupati/walikota atas usulan pemimpin BLUD. Pembentukan Dewan Pengawas berlaku hanya pada BLU/BLUD yang memiliki realisasi nilai omzet tahunan menurut laporan realisasi anggaran atau nilai aset menurut neraca yang memenuhi syarat minimum yang ditetapkan oleh Menteri Keuangan.

Dewan Pengawas BLU memiliki kewajiban untuk:

1. Memberikan pendapat dan saran kepada Menteri/Pemimpin Lembaga/Ketua Dewan Kawasan dan Menteri Keuangan mengenai Rencana Strategis Bisnis (RSB) dan Rencana Bisnis dan Anggaran (RBA) yang diusulkan oleh Pejabat Pengelola BLU.
2. Melaporkan kepada Menteri/Pimpinan Lembaga/Ketua Dewan Kawasan dan Menteri Keuangan dalam hal terjadi gejala penurunan kinerja BLU.
3. Mengikuti perkembangan BLU dan melaporkan setiap masalah yang dianggap penting kepada Menteri/Pimpinan Lembaga/Ketua Dewan Kawasan dan Menteri Keuangan.
4. Memberikan nasihat kepada pejabat BLU dalam melaksanakan pengelolaan BLU
5. Memberikan masukan, tanggapan dan saran atas laporan keuangan dan laporan kinerja BLU.

Referensi : Sistem Pengendalian Internal (SPI) dalam BLU & BLUD