Peraturan Menteri Dalam Negeri (Permendagri) Nomor 61 Tahun 2007 diganti menjadi ke Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 79 Tahun 2018 karena permendagri Nomor 61 Tahun 2007 sudah tidak menjamin kepastian akibat perkembangan peraturan perundang-undangan Badan Layanan Umum Daerah (BLUD). Selain itu Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 61 Tahun 2007 tentang Pedoman Teknis Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah sudah tidak sesuai dinamika perkembangan peraturan perundang-undanqan mengenai Badan Layanan Umum Daerah sehingga perlu diganti.

Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 79 Tahun 2018 maksimal digunakan secara serempak pada tahun 2020 untuk semua BLUD. Perbedaan aspek pada Permendagri Nomor 61 Tahun 2007 dengan Permendagri Nomor 79 tahun 2018 antara lain:

1. Status BLUD
2. Persyaratan BLUD
3. Penetapan BLUD
4. Struktur BLUD
5. Implementasi BLUD
6. Pencabutan BLUD

Dalam pengelolaan keuangannya BLUD diberikan fleksibilitas BLUD, dan kebijakan fleksibilitas BLUD ditetapkan oleh Kepala Daerah yang nantinya akan dilaksanakan oleh pejabat pengelola BLUD. Saat ini untuk pelaporan Akuntansi BLUD sesuai dengan Permendagri Nomor 79 tahun 2018 dan Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 12 Tahun 2019 Tentang Pengelolaam keuangan Daerah.

Laporan Keuangan BLUD disusun berdasarkan SAP. Laporan keuangan SAP yaitu  neraca, laporaan realisasi anggaran, laporan operasional, laporan perubahan saldo anggaran lebih, laaporan perubahan ekuitas, laporan arus kas dan catatan atas laporan keuangan. Penambahan jumlah laporan keuangan yang harus dibuat merupakan dampak dari penggunaan akuntansi berbasis akrual. Selain laporan keuangan, pertanggungjawaban keuangan daerah juga berupa laporan realisasi kinerja. Sehingga melalui laporan ini masyarakat bisa melihat sejauh mana kinerja pemerintah daerahnya. Laporan realisasi kinerja juga berguna sebagai alat untuk menjaga sinkronisasi dari proses perencanaan hingga pertanggungjawaban yang dilakukan pemerintah daerah. Sehingga diharapkan melalui laporan ini pemerintah daerah dapat melihat hal yang harus diperbaiki untuk kepentingan proses penganggaraan dan perencanaan ditahun berikutnya.

Laporan keuangan BLUD tidak terpisahkan dati laporan keuangan dan kinerja pemerintah daerah, karena BLUD merupakan bagian daari pengelolaan keuangan daerah.