Dana kapitasi merupakan besaran pembayaran perbulan yang dibayar dimuka kepada Puskesmas berdasarkan jumlah peserta yang terdaftar tanpa memperhitungkan jenis dan jumlah pelayanan kesehatan yang diberikan. Sesuai Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 19 Tahun 2014 dana kapitasi dimanfaatkan untuk pembayaran jasa pelayanan dan kesehatan dan dukungan biaya operasional pelayanan kesehatan. Alokasi untuk pembayaran jasa pelayanan kesehatan ditetapkan sekurang-kurangnya 60% dari penerimaan dana kapitasi. Sisa alokasi dana kapitasi digunakan untuk dukungan biaya operasional sebesar 40%. Penggunaan untuk dukungan biaya operasional mempertimbangkan kebutuhan obat, alat kesehatan dan bahan medis habis pakai, kegiatan operasional  untuk mencapai target dibidang upaya kesehatan perorangan dan besaar tunjangan yang telah diterima dari Pemerintah Daerah.

Alokasi dana kapitasi untuk pembayaran jasa pelayanan kesehatan dibagikan kepada tenaga kesehatan sesuai variabel jenis kettenagaan dan atau jabatan dan kehadiran.

Variabel jenis ketenagaan dan atau jabatan dinilai sebagai berikut:

1. Tenaga medis, diberi nilai 150;
2. Tenaga apoteker atau tenaga profesi keperawatan, diberi nilai 100;
3. Tenaga kesehatan setara S1/S4, diberi nilai 60;
4. Tenaga non kesehatan minimal D3, tenaga kesehatan setara D3, atau tenaga kesehatan dibawah D3 dengan masa kerja lebih dari 10 tahun, diberi nilai 40;
5. Tenaga kesehatan dibawah D3, diberi nilai 25 dan
6. Tenaga non kesehatan dibawah D3, diberi nilai 15.

Tenaga kesehatan yang merangkap tugas administrasi sebagai Pemimpin BLUD, Pejabat Keuangan atau bendahara puskesmas BLUD diberi tambahan nilai 30.