Pasal 39 dan 40 Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 79 Tahun 2018 disebutkan bahwa tata kelola memuat beberapa hal antara lain : kelembagaan yang memuat posisi jabatan, pembagian tugas, fungsi, tanggung jawab, hubungan kerja dan wewenang; prosedur kerja yang memuat ketentuan hubungan dan mekanisme kerja antar posisi jabatan dan fungsi; pengelompokan fungsi yang memuat pembagian fungsi pelayanan dan fungsi pendukung sesuai dengan prinsip pengendalian internal untuk efektifitas pencapaian; dan pengelolaan sumber daya manusia yang memuat kebijakan mengenai pengelolaan sumber daya manusia yang berorientasi pada peningkatan pelayanan kepada masyarakat. Tata kelola yang diterapkan pada Badan Layanan Umum Daerah bertujuan antara lain untuk: memaksimalkan nilai BLUD dengan cara menerapkan prinsip transparansi, akuntabilitas, responsibilitas dan independensi, agar puskesmas memiliki daya saing yang sehat; mendorong pengelolaan BLUD secara professional, transparan dan efisin, serta memberdayakan fungsi dan peningkatan kemandirian organ BLUD; mendorong agar organ BLUD dalam membuat keputusan dan menjalankan kegiatan senantiasa dilandasi dengan nilai moral yang tinggi dan kepatuhan terhadap peraturan perundang-undangan yang berlaku, serta kesadaran atas adanya tanggungjawab sosial BLUD terhadap stakeholder; serta meningkatkan kontribusi BLUD dalm mendukung kesejahteraan umum masyarakat melalui pelayanan BLUD tersebut.