Sesuai dengan Undang-Undang Keuangan Negara, yaitu Undang-Undang Nomor 17 Tahun 2003, Undang-Undang Nomor 1 Tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara dan Undang-Undang Nomor 15 Tahun 2004. Banyak perubahan dari pola pengelolaan lama yang berfokus pada output, sistem, dan prosedur menjadi pengelolaan yang berfokus outcome, profesionalitas, akuntabilitas, transparansi, dan peningkatan kinerja. Dampak dari perubahan ini diharapkan dapat dirasakan oleh semua masyarakat, karena tugas pokok yang dijalankan oleh pemerintah adalah melayani masyarakat bukan dilayani oleh masyarakat. Dalam Peraturan Nomor 23 Tahun 2005 Pasal 26 ayat (2) dinyatakan bahwa Satuan Kerja BLUD menyelenggarakan akuntansi dan pelaporan keuangan sesuai dengan Standar  Akuntansi Keuangan (SAK) yang diterbitkan oleh asosiasi profesi akuntansi Indonesia. Satuan Kerja BLUD juga harus tetap menghasilkan laporan keuangan yang sesuai dengan Standar Akuntansi Pemerintah (SAP) dalam rangka konsolidasian laporan keuangan Kementerian Negara/Lembaga. Pada hal ini walaupun Satuan Kerja BLUD bisa disamakan dengan enterprise , BLUD tetap merupakan kepanjangan tangan Kementerian Negara/Lembaga dalam memberikan pelayanan kepada masyarakat sehingga anggaran dan pelaporan keuangannya tetap dikendalikan secara ketat oleh Kementerian Negara/Lembaga.

Tahun 2010, Syncore menyelenggarakan Pola Pengelolaan Keuangan BLUD dan untuk memenuhi kebutuhan penyajian Laporan Keuangan sesuai SAK yang dapat dikonsolidasikan dengan Laporan Keuangan sesuai SAP maka dibutuhkan sistem akuntansi untuk memudahkan penyusunan Laporan Keuangan tersebut. Sistem Akuntansi BLUD tersebut kemudian direvisi dan disesuaikan dengan Permendagri 61 tahun 2007 yang saat ini sudah ada perubahan peraturan menjadi Permendagri 79 tahun 2018. Satuan Kerja BLUD merupakan bentuk enterprising the government, dimana dalam pengelolaannya entitas sektor publik menerapkaan praktik manajemen bisnis dengan gaya sektor privat, termasuk juga dalam proses pertanggungjawaban keuangannya. Penerapakan Sistem Akuntansi ini diharapkan agar Satuan Kerja BLUD lebih meningkatkan kinerjanya dalam melaksanakan tugas pokok dan fungsinya untuk memberikan pelayanan publik kepada masyarakat, sehingga pelayanan yang diberikan lebih efektif dan efisien dan akuntabel.