Tujuan utama akreditasi Puskesmas adalah untuk pembinaan peningkatan mutu, kinerja melalui perbaikan yang berkesinambungan terhadap sistem manajemen, sistem manajemen mutu dan sistem penyelenggaraan pelayanan dan upaya, serta penerapan manajemen risiko, dan bukan sekedar penilaian untuk mendapatkan sertifikat akreditasi.

Penilaian keberhasilan Puskesmas dapat dilakukan oleh internal organisasi Puskesmas itu sendiri, yaitu dengan ”Penilaian Kinerja Puskesmas,” yang mencakup manajemen sumberdaya termasuk alat, obat, keuangan dan tenaga, serta didukung dengan manajemen sistem pencatatan dan pelaporan. Standar akreditasi Puskesmas disusun dalam sembilan (9) bab, meliputi :

 1) Penyelenggaraan Pelayanan Puskesmas (PPP);

 2) Kepemimpinan dan Manajemen Puskesmas (KMP);

 3) Peningkatan Mutu Puskesmas (PMP);

 4) Upaya Puskesmas yang Berorientasi Sasaran (UPBS);

 5) Kepemimpinan dan Upaya Manajemen Puskesmas (KUMP);

 6) Sasaran Kinerja dan MDG’s (SKM);

 7) Layanan Klinis yang Berorientasi Pasien (LKBP);

 8) Manajemen Penunjang Layanan Klinis (MPLK); dan

 9) Peningkatan Mutu Klinis dan Keselamatan Pasien (PMKP).

Upaya perubahan terkendala pada beberapa hal yang menjadi standar pelayanan yaitu:

1. Komitmen kepala Puskesmas terhadap perubahan itu sendiri.
2. Ketersediaan sumber daya manusia. Sebagian puskesmas mempunyai kendala dalam jumlah tenaga yang kompeten terhadap program kesehatan. Kendala tenaga ini sangat kecil bisa diatasi oleh puskesmas, dimana peraturan tidak memungkinkan puskesmas untuk menambah tenaga sendiri. Ketersediaan tenaga sangat tergantung dari tingkat yang lebih tinggi baik pemerintah kabupaten maupun pemerintah pusat.
3. Beban kerja petugas puskesmas. Keterbatasan tenaga di puskesmas menyebabkan satu tenaga bisa memegang beberapa program. Apabila mengacu pada standar akreditasi dimana satu program mempunyai SOP dan pertanggungjawaban tersendiri, maka bisa dibayangkan satu orang petugas harus membuat SOP dan pertanggungjawaban beberapa program.
4. Status hukum lahan yang digunakan puskesmas.Kendala yang dihadapi terhadap status lahan puskesmas adalah kepemilikan lahan yang masih diakui oleh beberapa pihak. Kendala tersebut menjadi sulit apabila mengacu pada sebagai dasar penilaian akreditasi puskesmas.
5. Sarana dan prasarana puskesmas. Kelengkapan sarana dan prasarana sebagai dasar untuk melakukan pelayanan yang terstandar belum sepenuhnya tersedia. Penilaian akredasi akan mendasarkan pada sarana yang tersedia dalam melakukan pelayanan.
6. Perubahan pola fikir dari standar pelayanan sebagai ajang penilaian kepada standar pelayanan sebagai sistem yang harus dipenuhi dalam melaksanakan pelayanan yang terstandar.