Tata kelola yang ada pada Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) merupakan peraturan internal yang penetapannya ditetapkan degan peraturan kepala daerah setempat. Prinsip dari tata kelola ini mencakup transparansi, akuntabilitas, responsibilitas, independensi dan kesetaraan/kewajaran. Transparansi merupakan keterbukaan yang dibangun atas dasar kebebasan arus informasi secara langsung dapat diterima bagi yang membutuhkan dan keterbukaan informasi baik dalam proses pengambilan keputusan maupun dalam mengungkapkan informasi material mengenai perusahaan. Efek terpenting dari adanya suatu transparasi ini adalah terhindarnya benturan kepentingan berbagaii pihak dalam manajemen. Akuntabilitas merupakan kejelasan fungsi, struktur, sistem yang dipercayakan pada BLUD agar pengelolaan Lembaga dapat terlaksana dengan baik dan dapat dipertanggungjawabkan. Efek dari dilakukannya akuntabilitas ini adalah terhindarnya dari konslik atau benturan kepentingan peran. Responsilbilitas merupakan kesesuaian atau kepatuhan dalam pengelolaan organisasi dan kesesuaian prinsip korporasi bisnis yang sehat serta perundang-undangan. Efek jika ada responsibiltas maka akan terhindar dari permasalahan perpajakan, hubungan industrial, lingkungan hidup, kesehatan/ keselamatan kera serta standar penggajian. Independensi merupakan kemandiirian pengelolaan organisasi secara professional. Efek dari adanya independensi adalah terhindarnya dari benturan kepentingan dan pengaruh atau tekanan dari pihak manapun. Yang terakhir adalah kesetaraan dan kewajaran dimana apabila diterapkan maka akan berefek pada perlakuan yang adil dan setara dalam memenuhi hak-hak stakeholder yang timbul berdasarkan perjanjian serta perundang-undangan. Secara keseluruhan tata kelola yang ada pada BLUD dibagi menjadi empat garis besar diantaranya kelambagaan, prosedur kerja, pengelolaan fungsi serta pengelolaan sumber daya manusia dimana masing-masing poin harus dapat berjalan dengan baik.  Di awal pembentukan BLUD, tata kelola akan dituangkan ke dalam suatu perbup. Adapun kriteria penilaian dokumen tata kelola yang menjadi lampiran perbup sesuai dengan SE Mendagri Nomor 900/2759/SJ ada dua indikator yaitu adanya kebijakan-kebijakan mengenai organisasi dan tata laksana serta adanya kebijakan tentang akuntabilitas. Unsur yang dinilai pada indikator yang pertama diantaranya terkait struktur organisasi, prosedur kerja, pengelompokan fungsi yang logis, pengelolaan SDM (penerimaan pegawai, penempatan, sistem remunerai, jenjang karir, pembinaan termasuk sistem reward dan punishment serta pemutusan hubungan kerja. Untuk indikator kedua, indikatoor yang dinilai adalah apakah ada sistem akuntabilitas berbasis kinerja, bagaimana kebijakan keuangannya (kebijakan mengenai tarif berdasarkan unit cost dan subsidi serta sistem akuntansi dan keuangan) serta bagaimana kebijakan pengelolaan keuangan dan limbah yang ada.