Pada kenyataannya perjalanan RSUD / Puskesmas / instansi lain yang ingin menjadi BLUD masih mengalami kendala baik diinternal RSUD / Puskesmas / instansi lain maupun dengan pihak eksternal. Kendala yang dihadapi lebih pada perubahan paradigma yang masih membutuhkan proses pembelajaran dan pemahaman tentang BLUD yang masih perlu disosialisasikan. Adapun perbedaaan persepsi dan kendala yang sering terjadi antara lain berasal dari:

Internal RSUD / Puskesmas / Instansi lain

Perubahan status menjadi BLUD seharusnya direspon positif oleh setiap staff dimanapun posisi dan peran yang diemban dalam memberikan kontribusi bagi kemajuan RSUD / Puskesmas / Instansi lain. Cara mengatasi masalah pelaksanaan BLU dan BLUD, untuk menghadapi perbedaan persepsi dan beberapa kendala yang dihadapi ada beberapa alternatif solusi yang bisa dilakukan, diantaranya:

Menjadikan moment lahirnya BLUD sebagai titik pembangunan paradigma baru bagi seluruh staff untuk memberikan yang terbaik bagi pengguna jasa. Namun pembangunan paradigma baru ternyata tidak mudah dan perlu adanya sosialisasi berkesinambungan. Cara yang lebih efektif adalah menumbuhkan rasa memiliki terhadap BLUD. Dengan melibatkan secara langsung dalam perumusan visi dan misi pada saat penyusunan renstra, merupakan salah satu satu cara memberikan penghargaan atas peran dan keterlibatan staff. Selanjutnya keterlibatan dalam pengaturan kode etik dan standar operating dan prosedur jugaa merupakan media sosialisasi yang cukup efektif, terlebih rumusan remunerasi penghasilan yang akan diperjuangkan bersama dari kegigihan kerja dan kontribusi nyata staff.

Faktor Eksternal

Menggambarkan kondisi di luar BLUD yang secara langsung maupun tidak langsung mempengaruhi keberhasilan BLUD dalam mencapai tujuannya. BLUD tidak mampu untuk mengendalikan faktor eksternal sesuai dengan yang diinginkan untuk masa yang akan datang. Cakupan analisis kondisi eksternal tersebut agar tergambar pada bidang pelayanan, keuangan, organisasi dan sumber daya manusia serta sarana dan prasarana yang dipengaruhi, antara lain:

1. Peraturan Perundang-Undangan yang terkait dengan BLUD;
2. Kebijakan Pemerintah/Pemerintah Daerah terhadap BLUD, menyangkut keuangan,
3. Sumber Daya Manusia/Pegawai Negeri Sipil, dan lain-lain;
4. Perkembangan sosial budaya dan tingkat pendidikan masyarakat;
5. Perkembangan teknologi, informasi dan komunikasi;
6. Keadaan persaingan dengan industri pelayanan yang sejenis;
7. Keadaan perekonomian baik nasional maupun internasional;

Alasan RSUD / Puskesmas  Instansi lain harus menjadi BLU/BLUD adalah untuk meningkatkan pelayanan kepada masyarakat yang bentuknya beraneka macam. Instansi yang harus menjadi BLU /  BLUD adalah RSUD / Puskesmas karena merupakan ujung tombak dalam pembangunan kesehatan masyarakat. Supaya bisa mengembangkan mutu pelayanan kesehatan bermutu dan biaya pelayanan kesehatan terkendali sehingga akan berujung pada kepuasan pasien.

Tuntutan lainnya BLU / BLUD adalah pengendalian biaya. Pengendalian biaya merupakan masalah yang kompleks karena dipengaruhi oleh berbagai pihak yaitu mekanisme pasar, tindakan ekonomis, sumber daya manusia yang dimiliki (profesionalitas) dan yang tidak kalah penting adalah perkembangan teknologi dari RSUD / Puskesmas / Instansi Lainnya itu sendiri.