Undang-Undang Nomor 40 Tahun 2004 dan Undang-Undang Nomor 24 Tahun 2011 tentang Badan Penyelenggara Jaminan Sosial (BPJS),  Peraturan Presiden Nomor 32 Tahun 2014 tentang Pengelolaan dan Pemanfaatan Dana Kapitasi (besaran pembayaran per bulan yang dibayar dimuka kepada FKTP berdasarkan jumlah peserta yang terdaftar tanpa memperhitungkan jenis dan jumlah pelayanan kesehatan yang diberikan) Jaminan Kesehatan Nasional Pada Fasilitas Kesehatan Tingkat Pertama (FKTP) Milik Pemerintah. Peraturan Presiden ini ditandatangani oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono pada 21 April 2014 mengatur mengenai Pengelolaan dan Pemanfatan Dana Kapitasi JKN pada Fasilitas Kesehatan Tingkat Pertama  milik Pemerintah Daerah yang belum menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah (BLUD), sesuai Pasal 2 Perpres tersebut. BPJS Kesehatan wajib melakukan pembayaran Dana Kapitasi kepada FKTP milik Pemerintah Daerah, sesuai jumlah yang terdaftar di FKTP sesuai data dari BPJS Kesehatan.

Dana Kapitasi sebagaimana dimaksud dibayarkan langsung oleh BPJS Kesehatan kepada Bendaharawan Dana Kapitasi JKN pada FKTP. Guna mendapatkan Dana Kapitasi dimaksud, Kepala FKTP menyampaikan rencana pendapatan dan belanja dana kapitasi JKN tahun berjalan kepada Kepala Dinas Kesehatan setempat, dengan mengacu pada jumlah peserta yang terdaftar di FKTP dan besaran JKN sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku.Rencana pendapatan dan belanja dana kapitasi JKN sebagaimana dimaksud, menurut Perpres ini, dianggarkan dalam Rencana Kerja Anggaran (RKA) Satuan Kerja Perangkat Daerah (SKPD) Dinas Kesehatan dan harus dicatat sesuai Standar Akuntansi Pemerintahan vide PP 71/2010. Bendahara Dana Kapitasi JKN pada masing-masing FKTP ditetapkan oleh Kepala Daerah atas usul Kepala SKPD Dinas Kesehatan melalui Pejabat Pengelola Keuangan Daerah (PPKD). Bendahara Dana Kapitasi JKN pada FKTP sebagaimana dimaksud membuka Rekening Dana Kapitasi JKN. Pembayaran dana kapitasi dari BPJS Kesehatan dilakukan melalui Rekening Dana Kapitasi JKN pada FKTP, dan diakui sebagai pendapatan, sesuai Pasal 7 Ayat (1) Peraturan Presiden Nomor 32 Tahun 2014 itu.

Pendapatan sebagaimana dimaksud digunakan langsung untuk pelayanan kesehatan peserta JKN pada FKTP. Dalam hal pendapatan kapitasi tidak digunakan seluruhnya pada tahun anggaran berkenaan, dana kapitasi tersebut dapat digunakan untuk tahun anggaran berikutnya.Kepala SKPD Dinas Kesehatan dan Kepala FKTP melakukan pengawasan secara berjenjang terhadap penerimaan dan pemanfaatan dana kapitasi oleh Bendahara Dana Kapitasi JKN pada FKTP. Akuntansi mencatat pengeluaran kas FKTP untuk beban operasional (maksimum 40%) dan biaya jasa layanan kesehatan (minimum 60%), sesuai Pasal 12  Ayat 4.