BLUD menyelenggarakan akuntansi sesuai dengan standar akuntansi keuangan daerah atau yang biasa disebut SAP (standar akuntansi pemerintah). Sesuai dengan Permenagri Nomor 79 tahun 2018 tentang Badan Layanan Umum Daerah.

BLUD menyampaikan laporan keuangan setiap tri wulan kepada SKPD yang bersangkutan berupa Laporan Realisasi Anggaran, Laporan Perubahan Sisa Anggaran Lebih, Laporan Arus Kas, Laporan Operasional, Neraca, Laporan Perubahan Ekuitas dan catatan atas Laporan keuangan, semester dan tahunan. Laporan-laporan tersebut disampaikan paling lambat satu bulan setelah periode pelaporan berakhir. Laporan keuangan tersebut akan dikonsolidasikan dengan laporan keuangan SKPD dan diaudit oleh pemeriksa ekstern sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.

Pemimpin SKPD bertanggungjawab atas keberhasilan pencapaian sasaran program berupa hasil sedangkan pemimpin BLUD bertanggung jawab atas keberhasilan pencapaian sasaran kegiatan berupa keluaran dan terhadap kinerja BLUD sesuai dengn tolok ukur yang ditetapkan dalam RBA.

Hal-hal yang perlu dilaporkan pada penyusunan Laporan keuangan secara akuntansi antara lain

1. Pengelolaan Kas
2. Pengelolaan Piutang
3. Pengelolaan Utang
4. Pengelolaan Investasi
5. Pengelolaan barang
6. Pengelolaan Aset

Instansi BLUD perlu untuk memperhitungkan biaya satuan yang dibuat berdasarkan perhitungan akuntansi biaya untuk setiap output barang/jasa yang dihasilkan. Selain itu instansi BLUD bisa memungut biaya kepada masyarakat sebagai imbalan barang/jasa layanan yang diberikan. Imbalan atas barang/jasa layanan yang diberikan tersebut ditetapkan dalam bentuk tarif yang disusun atas dasar perhitungan biaya per unit layanan atau hasil per investasi dana yang dapat bertujuan untuk menutup seluruh atau sebagian dari biaya per unit layanan.

Fungsi utama akuntansi adalah sebagai sumber informasi yang diperlukan untuk pengambilan keputusan dalam pemecahan masalah dan perencanaan untuk keberhasilan pengembangan BLUD. Secara umum akuntansi tidak lepas dari biaya dengan memperhitungkan biaya uang berbeda akan menghasilkan akuntansi biaya yang berbeda pula serta berdampak pada pengambilan keputusan yang berbeda. Dengan demikian untuk pengambilan keputusan yang tepat serta keberhasilan perencanaan diperlukan sistem dan pelaksanaan BLUD secara optimal.