Pola tata kelola merupakan salah satu dari syarat administratif dokumen pengajuan BLUD. Berdasarkan pasal 38 Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 79 Tahun 2018, tata kelola merupakan tata kelola Unit Pelaksana Teknis Dinas/Badan Daerah yang akan menerapkan BLUD dan ditetapkan dengan Peraturan Kepala Daerah. Kemudian dalam pasal 39 dan 40 disebutkan bahwa tata kelola memuat beberapa hal antara lain:

1. Kelembagaan, yang memuat posisi jabatan, pembagian tugas, fungsi, tanggung jawab, hubungan kerja dan wewenang.
2. Prosedur kerja, yang memuat ketentuan hubungan dan mekanisme kerja antar posisi jabatan dan fungsi.
3. Pengelompokan fungsi, yang memuat pembagian fungsi pelayanan, dan fungsi pendukung sesuai dengan prinsip pengendalian internal untuk efektivitas pencapaian.
4. Pengelolaan Sumber Daya Manusia (SDM), yang memuat kebijakan mengenai pengelolaan SDM yang berorientasi pada peningkatan pelayanan kepada masyarakat.

Tata kelola BLUD ini ditetapkan dengan Peraturan Kepala Daerah. Namun, sebelumnya tata kelola BLUD tersebut disusun dan ditandatangani oleh Kepala BLUD terlebih dahulu untuk maju dalam tahap selanjutnya yaitu penilaian BLUD. Tata kelola diterapkan dalam BLUD dengan tujuan sebagai berikut:

1. Memaksimalkan nilai UPT dengan cara menerapkan prinsip transparansi, akuntabilitas, responsibilitas dan independensi agar puskesmas memiliki daya saing yang kuat.
2. Mendorong pengelolaan UPT secara profesional, transparan dan efisien, serta memberdayakan fungsi dan peningkatan kemandirian organ UPT.
3. Mendorong agar organ UPT dalam membuat keputusan dan menjalankan kegiatan senantiasa dilandasi dengan nilai moral yang tinggi dan kepatuhan terhadap peraturan perundang-undangan yang berlaku
4. Meningkatkan kontribusi UPT dalam mendukung kesejahteraan umum masyarakat melalui pelayanannya.

Ruang lingkup tata kelola UPT meliputi peraturan internal UPT dalam menerapkan BLUD. Tata kelola mengatur hubungan antara organ UPT yaitu Kepala OPD, Pemerintah Daerah, Dewan Pengawas, dan Pejabat Pengelola serta pegawai berikut tugas, fungsi, tanggung jawab, kewajiban, kewenangan, dan haknya masing-masing. Sistematika penyusunan dokumen tata kelola adalah sebagai berikut:

- Pengantar

- Bab I Pendahuluan

- Bab II

1. Kelembagaan
2. Gambaran Singkat UPT
3. Struktur Organisasi dan Tata Laksana
4. Prosedur Kerja
5. Pengelompokan yang Logis
6. Pengelolaan SDM

- Bab III Penutup

- Lampiran