Sisa lebih perhitungan anggaran (SiLPA) BLUD merupakan selisih lebih antara realisasi penerimaan dan pengeluaran BLUD selama 1 (satu) tahun anggaran. SiLPA dihitung berdasarkan laporan realisasi anggaran (LRA) yaitu selisih dari realisasi pendapatan dengan realisasi belanja pada 1 (satu) periode anggaran. Setelah menjadi BLUD SiLPA dapat langsung digunakan dalam tahun anggaran berikutnya, kecuali karena perintah kepala daerah disetorkan sebagian atau seluruhnya ke kas daerah dengan mempertimbangkan posisi likuiditas dan rencana pengeluaran BLUD.

Penggunaan SiLPA dapat dimanfaatkan untuk memenuhi kebutuhan likuiditas/ untuk membiayai program dan kegiatan harus melalui mekanisme APBD. Untuk tahun anggaran berikutnya SiLPA tidak lagi diakui sebagai pendapatan namun menjadi saldo awal kas/bank. Pemanfaatan SiLPA apabila dalam kondisi mendesak dapat dilakukan sebelum perubahan. Kriteria kondisi mendesak antara lain:

1. Program dan kegiatan pelayanan dasar masyarakat yang anggarannya belum tersedia dan/atau belum cukup anggaran pada tahun anggaran berjalan;
2. Keperluan mendesak lainnya ayang apabila ditunda akan menimbulkan kerugian yang lebih besar bagi pemerintah daerah dan masyarakat.

Pada software BLUD Syncore SiLPA akan diinputkan pada database Perubahan, menggunakan user login RBA dan user login akuntansi. Tahap input di software:

1. User login RBA
2. Pagu Sumber Dana;
3. Pagu Kegiatan; dan
4. Pendapatan pilih tab Pendapatan lain-lain.
5. User login Akuntansi
6. Saldo awal inputkan di kas/bank

Penggunaan lain dari SiLPA yaitu apabila anggaran BLUD diperkiraan defisit, maka SiLPA dapat digunakan untuk pembiayaan guna menutupi defisit BLUD tersebut. Selain itu SiLPA akan lebih efektif bila digunakan untuk menambah modal BLUD.

SiLPA bisa dikelola oleh BLUD itu sendiri dengan baik, dimasukkan dalam RBA ketika sedang menyusun RBA Definitif. Lalu, bagaimana SiLPA dimasukkan dalam penyusunan RBA sedangkan SiLPA baru diketahui awal tahun, setelah RBA disahkan?

Jawabannya adalah proyeksi SiLPA. Contohnya penyusunan RBA dilakukan bulan September. Di bulan September tentu sudah diketahui realisasi pencapatan dan realisasi biaya, bisa memprognosakan akhir tahun akan ada SiLPA sejumlah berapa. Sehingga SiLPA yang dimasukkan dalam perhitungan RBA adalah SiLPA proyeksi. Untuk SiLPA yang sebenarnya bisa direvisi dalam RBA Perubahan.

Tetapi perlu diingat bahwa SiLPA dapat dilakukan pencatatan seperti di atas dengan syarat sudah ada regulasi yang memperbolehkan SiLPA digunakan di awal tahun dengan cara demikian. Sebab jika tidak ada payung hukum, bisa menjadi temuan ketika diaudit. Sehingga penggunaan SiLPA akan lebih lanjut diatur oleh peraturan kepala daerah yang bersangkutan.