Dalam penyusunan laporan keuangannya, BLU mengacu pada Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 71 Tahun 2010 Tentang SAP. Penerapan SAP berbasis akrual bagi BLUD dengan pemberlakuan PSAP 13 mulai tahun 2016 tentang Penyajian Laporan Keuangan Badan Layanan Umum. Hal ini sejalan dengan Permendagri No.79 Tahun 2018 Pasal 99 Laporan keuangan BLUD yakni Laporan Realisasi Anggaran, Laporan Perubahan Saldo Anggaran lebih, Neraca, Laporan Operasional, Laporan Arus Kas, Laporan Perubahan Ekuitas, dan Catatan atas Laporan Keuangan disusun berdasarkan standar akuntansi pemerintahan.

Standar Akuntansi Pemerintahan, yang selanjutnya disingkat SAP, adalah prinsip-prinsip akuntansi yang diterapkan dalam menyusun dan menyajikan laporan keuangan pemerintah. SAP Berbasis Akrual sendiri adalah SAP yang mengakui pendapatan, beban, aset, utang, dan ekuitas dalam pelaporan finansial berbasis akrual, serta mengakui pendapatan, belanja, dan pembiayaan dalam pelaporan pelaksanaan anggaran berdasarkan basis yang ditetapkan dalam APBN/APBD. SAP Berbasis Akrual ini dinyatakan dalam bentuk PSAP (Pernyataan Standar Akuntansi Pemerintah).

PSAP ini bertujuan untuk mengatur penyajian laporan keuangan BLU dalam rangka meningkatkan keterbandingan laporan keuangan baik terhadap anggaran, antar periode, maupun antar BLU. Untuk mencapai tujuan tersebut, standar ini menetapkan seluruh pertimbangan dalam rangka penyajian laporan keuangan, pedoman struktur laporan keuangan dan persyaratan minimum isi laporan keuangan. Laporan keuangan disusun dengan menerapkan akuntansi berbasis akrual.

Menurut PSAP, tujuan dari laporan keuangan BLU adalah menyajikan informasi mengenai posisi keuangan, realisasi anggaran, saldo anggaran lebih, arus kas, hasil operasi, dan perubahan ekuitas BLU yang bermanfaat bagi para pengguna dalam membuat dan mengevaluasi keputusan mengenai alokasi sumber daya. Secara spesifik, tujuan pelaporan keuangan BLU adalah untuk menyajikan informasi yang berguna untuk pengambilan keputusan dan untuk menunjukkan akuntabilitas entitas pelaporan atas sumber daya yang dipercayakan kepadanya, dengan:

1. menyediakan informasi mengenai posisi sumber daya ekonomi, kewajiban, dan ekuitas BLU;
2. menyediakan informasi mengenai perubahan posisi sumber daya ekonomi, kewajiban, dan ekuitas BLU;
3. menyediakan informasi mengenai sumber, alokasi, dan penggunaan sumber daya ekonomi;
4. menyediakan informasi mengenai ketaatan realisasi terhadap anggarannya;
5. menyediakan informasi mengenai cara entitas pelaporan mendanai aktivitasnya dan memenuhi kebutuhan kasnya;
6. menyediakan informasi mengenai potensi BLU untuk membiayai penyelenggaraan kegiatan BLU; dan
7. menyediakan informasi yang berguna untuk mengevaluasi kemampuan dan kemandirian BLU dalam mendanai aktivitasnya.