Setelah menjadi BLUD sistem pengelolaan suatu badan atau instansi harus berlandaskan hokum dan peraturan. Sistem pengelolaan salah satunya ditetapkan dengan Peraturan Kepala Daerah yang menerapkan mengenai pengaturan Pola Pengelokaan Keuangan BLUD diantaranya :

1. Struktur Organisasi

Dikelola oleh Pejabat Pengelola dan Pegawai BLU/BLUD berasal dari

• PNS dan/atau profesional non-PNS
• Pemimpin BLU/BLUD dan Pejabat Keuangan sebaiknya berstatus PNS
• Pejabat Pengelola Anggaran dijabat oleh PNS

Pejabat Pengelola BLUD terdiri atas :

1. Pemimpin
2. pejabat keuangan
3. Pejabat teknis.

Pembina dan Pengawas BLUD

1. Pembina Teknis dan Pembina Keuangan
2. Satuan Pengawas Internal dan
3. Dewan Pengawas.

2. Prosedur Kerja

Pemimpin BLUD bertugas:

1. memimpin, mengarahkan, membina, mengawasi, mengendalikan, dan mengevaluasi penyelenggaraan kegiatan BLUD agar lebih efisien dan produktivitas
2. merumuskan penetapan kebijakan teknis BLUD serta kewajiban lainnya sesuai dengan kebijakan yang telah ditetapkan oleh kepala daerah
3. menyusun Renstra
4. menyiapkan RBA
5. bertindak selaku kuasa pengguna anggaran/ kuasa pengguna barang, dalam hal pemimpin tidak berasal dari pegawai negeri sipil, pejabat keuangan ditunjuk sebagai kuasa pengguna anggaran/kuasa pengguna barang

Pejabat keuangan bertugas:

1. merumuskan kebijakan terkait pengelolaan keuangan
2. mengkoordinasikan penyusunan RBA
3. menyiapkan DPA
4. melakukan pengelolaan pendapatan dan belanja
5. menyelenggarakan pengelolaan kas
6. melakukan pengelolaan utang, piutang, dan investasi
7. menyusun kebijakan pengelolaan barang milik daerah yang berada dibawah penguasaannya
8. menyelenggarakan sistem informasi manajemen keuangan
9. menyelenggarakan akuntansi dan penyusunan laporan keuangan

Pejabat teknis bertugas:

1. menyusun perencanaan kegiatan teknis operasional dan pelayanan dibidangnya
2. melaksanakan kegiatan teknis operasional dan pelayanan sesuai dengan RBA
3. memimpin dan mengendalikan kegiatan teknis operasional dan pelayanan dibidangnya

SPI dalam melaksanakan tugasnya berkoordinasi dengan unit pengawas fungsional seperti inspektorat dan BPKP. BPKP mempunyai tugas melaksanakan tugas pemerintahan dibidang pengawasan keuangan dan pembangunan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Dewan Pengawas melakukan pengawasan terhadap pengelolaan BLU/BLUD yang dilakukan oleh Pejabat Pengelola BLU/BLUD. Hasil pengawasan disampaikan kepada instansi induknya dan Menteri Keuangan/Kepala Daerah.