Remunerasi adalah jumlah total kompensasi yang diterima oleh pegawai sebagai imbalan dari jasa yang sudah dikerjakannya. Biasanya bentuk remunerasi ini diasosiasikan dengan penghargaan dalam bentuk fresh money / uang (monetary rewards), atau bisa diartikan juga sebagai upah atau gaji (salary). Pejabat pengelola dan pegawai BLUD diberikan remunerasi sesuai dengan tanggungjawab dan profesionalisme. Remunerasi ini mengandung dua unsur, yakni kompensasi dan komisi (bonus).

Remunerasi merupakan imbalan kerja yang diberikan dalam kompenen meliputi: Gaji, Tunjangan insentif, bonus, pesangon dan pensiun. Remunerasi di atur dengan peraturan kepala daaerah berdasarkan usulan pemimpin dengan mempertimbangkan prinsip proporsionalitas, kesetaraan, kepatutan, kewajaran dan kinerja. Pengaturan remunerasi BLUD di tentukan kepala daerah dengan membentuk tim yang keanggotaannya dapat berasal dari unsur: SKPD yang membidangi  kegiatan BLUD, SKPD yang membidangi pengelolaan keuangan daerah, perguruan tingggi dan lembaga profesi.

Bagi pejabat pengelola dan pegawai BLUD remunerasi dapat dihitung berdasarkan indikator penilaian, yaitu :

1. Pengalaman dan masa kerja.
2. Keterampilan, ilmu pengetahuan dan perilaku.
3. Resiko kerja.
4. Tingkat kegawatdaruratan.
5. Jabatan yang disandang.
6. Hasil/ capaian kinerja

Penetapan remunerasi pemimpin BLUD, mempertimbangkan faktor-faktor yang berdasarkan antara lain:

1. ukuran dan jumlah aset yang dikelola BLUD, tingkat pelayanan serta produktivitas.
2. Pertimbangan persamaannnya dengan industri pelayanan sejenis.
3. Kemampuan pendapatan.
4. Kinerja operasional berdasarkan indikator keuangan, pelayanan, mutu dan manfaat bagi masyarakat.

Remunerasi bagi pejabat keuangan dan pejabat teknis ditetapkan paling banyak sebesar 90% (sembilan puluh persen) dari remunerasi pemimpin. Sebelumnya disebutkan bahwa remunerasi bagi dewan pengawas dan sekretaris dewan pengawas diberikan dalam bentuk honorarium. Penetapan honorarium dewan pengawas sebagai berikut:

1. Honorarium ketua dewan pengawas paling banyak sebesar 40% (empat puluh persen) dari gaji dan tunjangan pemimpin.
2. Honorarium anggota dewan pengawas paling banyak sebesar 36% (tiga puluh enam persen) dari gaji dan tunjangan pemimpin.
3. Honorarium sekretaris dewan pengawas paling banyak sebesar 15% (lima belas persen) dari gaji dan tunjangan pemimpin.

Referensi : Peraturan Menteri Keuangan Nomor 10/Pmk.02/2006 Tentang Pedoman Penetapan Remunerasi Bagi Pejabat Pengelola, Dewan Pengawas Dan Pegawai Badan Layanan Umum