Sejak program JKN dilaksanakan pada tahun 2013, muncul wacana mengubah Puskesmas menjadi Badan Layanan Umum Daerah (BLUD). BLUD merupakan Satuan Kerja Perangkat Daerah (SKPD) atau Unit Kerja pada SKPD di lingkungan pemerintah daerah yang dibentuk untuk memberikan pelayanan kepada masyarakat berupa penyediaan barang dan/atau jasa yang dijual tanpa mengutamakan mencari keuntungan, dan dalam melakukan kegiatannya didasarkan pada prinsip efisiensi dan produktivitas (Permenkes No.9, 2014). Perubahan Puskesmas menjadi BLUD didasarkan pada Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum (PPK-BLU) yang memberikan fleksibilitas. Penerapan PPK-BLU pada Puskesmas memungkinkan Puskesmas untuk mengelola sumber daya manusia (SDM) sendiri sehingga Puskesmas mempunyai kewenangan untuk mempekerjakan tenaga profesional non PNS dan memberikan imbalan jasa sesuai dengan kontribusinya terhadap pelayanan Puskesmas.

Pelaksanaan kegiatan Puskesmas sebagai BLUD harus mengutamakan efektivitas dan efisiensi serta kualitas pelayanan umum kepada masyarakat tanpa mengutamakan pencarian keuntungan (Permenkes No.9, 2014). BLUD dikelola dengan memperhitungkan efisiensi biaya dalam setiap kegitan operasionalnya. Artinya BLUD wajib melakukan perhitungan akuntansi biaya atas setiap unit produk yang dihasilkan. BLUD dikelola untuk meningkatkan layanan yang bermutu sebagai sumber pendapatan operasional (PP No.85, 2013). Dinas Kesehatan mulai mempersiapkan beberapa rencana untuk merealisasikan Puskesmas BLUD antara lain dengan membentuk tim yang mengkaji BLUD di Dinas Kesehatan, rencana pelatihan tentang BLUD, serta rencana kepengurusan BLUD yang dibuat perwilayah.

Persyaratan administratif yang perlu dilengkapi dalam penerapan PPK-BLUD di Puskesmas yaitu membuat dan menyampaikan dokumen yang meliputi surat pernyataan kesanggupan untuk meningkatkan kinerja pelayanan, keuangan, dan manfaat bagi masyarakat; pola tata kelola; rencana strategis; standar pelayanan minimal; laporan keuangan pokok; serta laporan audit terakhir atau pernyataan bersedia untuk di audit secara independen. Melalui konsep pola pengelolaan keuangan BLUD, Puskesmas diharapkan dapat meningkatkan profesionalisme, mendorong entrepreneurship, transparansi, dan akuntabilitas dalam rangka pelayanan publik, sesuai dengan tiga pilar yang diharapkan dari pelaksanaan Pola Pengelolaan Keuangan (PPK) BLUD ini, yaitu untuk mempromosikan peningkatan kinerja pelayanan publik, fleksibilitas pengelolaan keuangan dan tata kelola yang baik.