BLUD merupakan bagian dari perangkat pemerintah daerah, dengan status hukum tidak terpisah dari pemerintah daerah. Berbeda dengan SKPD pada umumnya, pola pengelolaan keuangan BLUD memberikan fleksibilitas berupa keleluasaan untuk menerapkan praktik-praktik bisnis yang sehat untuk meningkatkan pelayanan kepada masyarakat, seperti pengecualian dari ketentuan pengelolaan keuangan daerah pada umumnya. Sebuah satuan kerja atau unit kerja dapat ditingkatkan statusnya sebagai BLUD. BLUD dalam pelaksanaan anggarannya harus melakukan penatausahaan keuangan paling sedikit memuat pendapatan dan belanja; penerimaan dan pengeluaran; utang dan piutang; persediaan, aset tetap dan investasi; dan ekuitas. Ketentuan mengenai pelaksanaan anggaran BLUD tersebut diatur dengan Peraturan Kepala Daerah.

Institusi yang menerapkan BLUD harus menyusun pelaporan dan pertanggungjawaban berupa laporan keuangan. Laporan keuangan yang wajib disusun BLUD terdiri atas Laporan Realisasi Anggaran, Laporan Perubahan Saldo Anggaran Lebih, Neraca, Laporan Operasional, Laporan Arus Kas, Laporan Perubahan Ekuitas, dan Catatan Atas Laporan Keuangan. Siklus akuntansi yang dilaksanakan oleh BLUD beserta penyajian data dan informasi yang dilakukan harus bersesuaian dengan penyusunan Laporan Keuangan BLUD yang sesuai dengan Standar Akuntansi Pemerintahan (SAP).  Pelaporan keuangan BLUD dilaporkan dengan disertai dengan laporan kinerja yang berisikan informasi pencapaian hasil atau output BLUD. Laporan keuangan tersebut diaudit oleh pemeriksa eksternal pemerintah sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.

Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 79 Tahun 2018 tentang Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) merupakan Pedoman Teknis Pengelolaan Keuangan BLUD yang disesuaikan dengan perkembangan BLUD saat ini.  Dalam Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 79 Tahun 2018 juga disebutkan beberapa ketentuan peralihan, sebagai berikut:

1. Pada saat Peraturan Menteri Dalam Negeri ini mulai berlaku, Peraturan Kepala Daerah yang telah diundangkan sebelum berlakunya Peraturan Menteri ini, masih tetap berlaku sepanjang belum diganti dan tidak bertentangan dengan Peraturan Menteri ini.
2. Pada saat Peraturan Menteri Dalam Negeri ini mulai berlaku, BLUD yang telah ditetapkan dan Peraturan Kepala Daerah yang telah diundangkan sebelum berlakunya Peraturan Menteri ini, wajib menyesuaikan paling lama 2 tahun setelah Peraturan Menteri ini diundangkan.

Penyusunan dan penetapan RBA untuk anggaran 2020 dan seterusnya disesuaikan dengan Peraturan Menteri ini.