Dalam Pasal 50, Permendagri Nomor 61 Tahun 2007 tentang Pedoman Teknis Badan Layanan Umum Daerah dijelaskan bahwa pejabat pengelola BLUD, dewan pengawas, sekretaris dewan pengawas dan pegawai BLUD dapat diberikan remunerasi sesuai dengan tingkat tanggungjawab dan tuntutan profesional yang diperlukan.

Remunerasi merupakan imbalan kerja yang dapat berupa gaji, tunjangan tetap, honorarium, insentif, bonus atas prestasi, pesangon, dan/ atau pensiun. Dimana remunerasi bagi dewan pengawas dan sekretaris dewan pengawas diberikan dalam bentuk honorarium. Remunerasi untuk BLUD-SKPD ditetapkan oleh Kepala Daerah berdasarkan usulan yang disampaikan oleh pemimpin BLUD-SKPD melalui sekretaris daerah. Sedangkan remunerasi untuk BLUD-Unit Kerja ditetapkan oleh kepala daerah berdasarkan usulan pemimpin BLUD-Unit Kerja melalui kepala SKPD.

Penetapan remunerasi pemimpin BLUD, mempertimbangkan faktor-faktor yang berdasarkan antara lain:

1. ukuran dan jumlah aset yang dikelola BLUD, tingkat pelayanan serta produktivitas.
2. Pertimbangan persamaannnya dengan industri pelayanan sejenis
3. Kemampuan pendapatan BLUD bersangkutan
4. Kinerja operasional BLUD yang ditetapkan oleh kepala daerah dengan mempertimbangkan antara lain indikator keuangan, pelayanan, mutu dan manfaat bagi masyarakat.

Sedangkan remunerasi pejabat keuangan dan pejabat teknis ditetapkan paling banyak sebesar 90 % (sembilan puluh persen) dari remunerasi pemimpin BLUD.

Sebelumnya disebutkan bahwa remunerasi bagi dewan pengawas dan sekretaris dewan pengawas diberikan dalam bentuk honorarium. Penetapan honorarium dewan pengawas sebagai berikut:

1. Honorarium ketua dewan pengawas paling banyak sebesar 40 % (empat puluh persen) dari gaji pemimpin BLUD
2. Honorarium anggota dewan pengawas paling banyak sebesar 36 % (tiga puluh enam persen) dari gaji pemimpin BLUD
3. Honorarium sekretaris dewan pengawas paling banyak sebesar 15% (lima belas persen) dari gaji pemimpin BLUD

Bagi pejabat pengelola dan pegawai BLUD remunerasi dapat dihitung berdasarkan indikator penilaian, yaitu :

1. Pengalaman dan masa kerja
2. Keterampilan, ilmu pengetahuan dan perilaku
3. Resiko kerja
4. Tingkat kegawatdaruratan
5. Jabatan yang disandang
6. Hasil/ capaian kinerja

Bagi pejabat pengelola dan pegawai BLUD yang berstatus PNS, gaji pokok dan tunjangan mengikuti peraturan perundang-undangan tentang gaji dan tunjangan PNS serta dapat diberikan tambahan penghasilan sesuai remunerasi yang ditetapkan oleh kepala daerah. Pejabat pengelola, dewan pengawas, dan sekretaris dewan pengawas yang diberhentikan sementara dari jabatannya memperoleh penghasilan sebesar 50 % (lima puluh persen) dari remunerasi/ honorarium bulan terakhir yang berlaku sejak tanggal diberhentikan sampai dengan ditetapkannya keputusan definitif tentang jabatan yang bersangkutan. Bagi pejabat pengelola berstatus PNS yang diberhentikan sementara dari jabatannya memperoleh penghasilan sebesar 50% (lima puluh persen) dari remunerasi bulan terakhir di BLUD sejak tanggal diberhentikan atau sebesar gaji PNS berdasarkan surat keputusan pangkat terakhir.

Sumber : 

http://blud.co.id/wp/2018/08/paska-blud-bagaimana-puskesmas-menetapkan-remunerasi-bagi-pejabat-penelola-blud/