Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) sesuai dengan Permendagri No 79 Tahun 2018 pure dengan standar pemerintah daerah (SAP) dalam hal penyusunan laporan keuangannya.  Setelah puskesmas menjadi BLUD diharapkan bisa mengurangi beban ketergantungan pada APBD sekaligus bisa meningkatkan potensi pendapatan. BLUD akan diberikan fleksibilitas dalam pengelolaan pendapatannya.

Pendapatan kapitasi dan non kapitasi akan ditransfer langsung ke rekening bank milik puskesmas tidak lagi dikelola oleh SKPD. Sehingga saldo kas di bendahara penerimaan dapat terdiri dari kas dan rekening penerimaan. Pengelolaan kas BLUD yang membedakan dengan instansi lainnya adalah dengan cara otonom dengan prinsip efisiensi dan produktivitas seperti korporasi penerimaan baik pendapatan maupun sumbangan yang diperoleh dapat digunakan secara langsung untuk membiayai operasional sesuai dengan rencana bisnis yang telah ditetapkan kecuali yang bersumber dari hibah terikat. Pendapatan BLUD bisa dari beberapa sumber, antara lain:

1. Jasa Layanan;

Pendapatan dari jasa layanan merupakan imbalan yaang diperoleh dari jasa layanan yang diberikan kepada masyarakat.

2. Hibah;

Pendapatan yang bersumber dari hibah dapat berupa hibah teikat dan hibah tidak terikat yang diperoleh dari masyarakat/badan lain.

3. Hasil kerjasama dengan pihak lain;

Pendapatan hasil kerja sama merupakan hasil yang diperoleh daari kerjasama BLUD. Sebagai contoh adalah puskesmas mempunyai lahan kemudian mempunyai lahan dan lahan tersebut dikelola oleh orang lain untuk parkir, maka puskesmas akan mendapatkan imbalan/hasil kerjasama dari pengelolaan lahan tersebut.

4. APBD, dan

Pendapatan APBD yang diterima oleh puskesmas berupa pendapatan yang berasal dari DPA APBD.

5. Lain-lain pendapatan BLUD yang sah.

Sumber pendapatannya antara lain:

1. Jasa Giro
2. Pendapatan bunga
3. Keuntungan selisih tukar rupiah terhadap mata uang asing
4. Komisi, potongan ataaupun bentuk lain sebagai akibat dari penjualan dan/pengadaan barang/ jasa oleh BLUD
5. Investasi
6. Pengembangan usaha

Pengembangan usaha bisa dilakukan melalui pembentukan unit usaha untuk meningkatkan layanan kepada masyarakat. Unit usaha tersebut berguna untuk pengembangan layanan dan mengoptimalkan sumber pendanaan untuk mendukung kegiatan BLUD.