Pengeluaran BLUD yang bersumber dari jasa layanan, hibah tidak terikat, hasil kerjasama dengan pihak lain dan lain-lain pendapatan BLUD yang sah diberikan fleksibilitas dengan mempertimbangkan volume kegiatan pelayanan. Fleksibilitas merupakan belanja yang disesuaikan dengan perubahan pendapatan dalam ambang batas RBA dan DPA yang telah ditetapkan secara definitif. Ambang batas tersebut merupakan persentase realisasi belanja yang diperkenankan melampaui anggaran dalam RBA dan DPA. Dalam hal belanja BLUD melampaui ambang batas, maka terlebih dahulu harus mendapatkan persetujuan dari kepala daerah dan apabila terjadi kekurangan anggaran BLUD dapat mengajukan usulan tambahan anggaran dari APBD kepada PPKD. Besaran persentase ambang batas dihitung tanpa memperhitungkan saldo awal kas. Besaran persentasenya memperhitungkan fluktuasi kegiatan operasional yang meliputi kecenderungan / tren selisih anggaran pendapatan BLUD selain APBD tahun berjalan dengan realisasi 2 tahun anggaran sebelumnya dan kecenderungan/ tren selisih pendapata BLUD selain APBD dengan prognosis tahun anggaran berjalan.  Ambang batas dicantumkan dalam RBA dan DPA dan pencantuman tersebut berupa catatan yang memberikan informasi besaran persentase ambang batas. Perhitungan persentase ambang batas dapat dilakukan dengan menghitung besar realisasi belanja dikurangi dengan anggaran belanja dan selisih tersebut dibagi dengan aggaran. Dihitung untuk 3 (tiga) tahun terakhir dan jika sudah dijumlah hasilnya dibagi 3 untuk mengetahui rata-ratanya. Besaran rata-rata tersebut merupakan persentase ambang batas yang digunakan untuk tahun anggaran yang berkaitan. Persentase ambang batas merupakan kebutuhan yang dapat diprediksi, dicapai, terukut rasional dan dipertanggungjawabkan. Ambang batas dapat digunakan apabila pendapatan BLUD diprediksi melebihi target pendapatan yang telah ditetapkan dalam RBA dan DPA tahun yang dianggarkan.