Dalam pelaksanaan anggaran, BLUD melakukan penatausahaan keuangan paling sedikit memuat:

1. pendapatan dan belanja;
2. penerimaan dan pengeluaran;
3. utang dan piutang;
4. persediaan, aset tetap dan investasi; dan
5. ekuitas.

Fleksibilitas badan layanan umum masih terkait dengan anggaran daerah, keterkaitan ini ada di pagu belanja pegawai, barang jasa dan modal. Maksudnya adalah bahwa fleksibilitas badan layanan umum ini tidak bebas merdeka 100%, tetap ada aturan sebab BLU/BLUD ini adalah satker yang hidup di dua alam, masih menjadi milik daerah namun harus menjalankan bisnis yang sehat. BLUD masih menjadi milik daerah berarti harus mengikuti aturan yang sudah ada sebelumnya, sedangkan menjalankan bisnis yang sehat berarti akan menyebabkan peningkatan pelayanan yang akan berdampak kepada adanya surplus/ defisit. Dengan kata lain Fleksibilitas badan layanan umum hanya berada pada Pola Pengelolaan Keuangan yang berbeda.

Pengelolaan belanja BLUD diberikan Fleksibilitas dengan mempertimbangkan volume kegiatan pelayanan. Fleksibilitas merupakan belanja yang disesuaikan dengan perubahan pendapatan dalam ambang batas RBA dan DPA yang telah ditetapkan secara definitif. Fleksibilitas dapat dilaksanakan terhadap belanja BLUD yang bersumber dari pendapatan BLUD dan hibah tidak terikat. Ambang batas merupakan besaran persentase realisasi belanja yang diperkenankan melampaui anggaran dalam RBA dan DPA. Dalam hal belanja BLUD melampaui ambang batas terlebih dahulu mendapat persetujuan kepala daerah. Dalam hal terjadi kekurangan anggaran, BLUD mengajukan usulan tambahan anggaran dari APBD kepada PPKD. Besaran presentase ambang batas dihitung tanpa memperhitungkan saldo awal kas.

Besaran persentase ambang batas memperhitungkan fluktuasi kegiatan operasional, meliputi:

1. kecenderungan/tren selisih anggaran pendapatan BLUD selain APBD tahun berjalan dengan realisasi 2 (dua) tahun anggaran sebelumnya; dan
2. kecenderungan/tren selisih pendapatan BLUD selain APBD dengan prognosis tahun anggaran berjalan. Besaran presentase ambang batas dicantumkan dalam RBA dan DPA.

Pencantuman ambang batas sebagaimana dimaksud pada ayat (3) berupa catatan yang memberikan informasi besaran presentase ambang batas. Presentase ambang batas merupakan kebutuhan yang dapat diprediksi, dicapai dan terukur, rasional dan dipertanggungiawabkan. ambang batas digunakan apabila pendapatan BLUD diprediksi melebihi target pendapatan yang telah ditetapkan dalam RBA dan DPA tahun yang dianggarkan.(Elin)

Referensi :
1. Penyusunan RBA Menurut Permenkes No. 4 Tahun 2013
2. Batas-batas Tertentu dalam Fleksibilitas Badan Layanan Umum Daerah