Berlatar belakang dari Peraturan Presiden Nomor 32 tahun 2014 yang mengatur pengelolaan dan pemanfaatan Dana Kapitasi Jaminan Kesehatan Nasional pada Fasilitas tingkat Pertama Milik Pemerintah Daerah. Dimana Peraturan Presiden tersebut dikeluarkan untuk mengisi kekosongan aturan terkait transfer dana Kapitasi BPJS langsung ke Puskesmas. Puskesmas sebagai Unit Pelaksana Teknis  Daerah (UPTD) mengalami dilema karena tidak bisa menggunakan Dana Kapitasi secara langsung, melainkan harus mentransfer dana tersebut ke Kas Daerah dan mengajukan penggunaan dana tersebut sesuai mekanisme yang sama dengan Satuan Kerja Perangkat Daerah (SKPD)/ UPTD yang lain.

Hadirnya Peraturan Presiden Nomor 32 Tahun 2014 memberikan solusi sementara, karena yang diperlukan Puskesmas bukan semata-mata fleksibilitas untuk penggunaan dana secara langsung, tetapi juga fleksibilitas yang lain. Solusi permanen adalah dengan menjadikan Puskesmas sebagai BLUD. Akan tetapi, ada tantangan lain yaitu terkait kesiapan SDM yang ada di Puskesmas, sistem yang ada dan pendampingan yang harus dilakukan oleh Dinas Kesehatan setempat. Kemudian muncul berbagai pertanyaan yaitu :

1. Apa saja faktor yang mendorong Puskesmas menjadi BLUD?

Jawab : Adanya tekanan aturan, Dimana kendala terbesar Puskesmas dapat lolos akreditasi adalah Sistem Administrasi dan Manajemen, Puskesmas perlu fleksibilitas untuk memberikan layanan berbasis kebutuhan, Puskesmas perlu fleksibilitas pengelolaan keuangan, SDM dan sarana prasarana. Kemudian BLUD muncul sebagai solusi adanya tekanan aturan tersebut  dimana BLUD sudah menyediakan Pola Administrasi dan Manajemen yang baku, BLUD tidak mengutamakan keuntungan tetapi peningkatan kualitas layanan, dan terakhir BLUD memberikan fleksibilitas pengelolaan keuangan, SDM dan sarana prasarana.

2. Apa saja kendala implementasi Puskesmas BLUD?

Jawab : kendala tata aturan yang belum sinkron, kendala struktur organisasi UPTD tidak sinkron dengan BLUD, kendala tidak adanya Dewan Pengawas, kendala belum adanya model SPI Puskesmas BLUD, kendala kompetensi akuntan Puskesmas BLUD, kendala sinkronisasi pagu dari Dinkes dan Puskesmas BLUD, kendala penyusunan dokumen RBA, kendala belum adanya model penatausahaan Puskesmas BLUD, kendala penyusunan laporan pertanggungjawaban (SPTJ), kendala penyusunan laporan keuangan SAK, kendala audit keuangan Puskesmas BLUD, dan kendala penilaian kinerja Puskesmas BLUD.

Sumber : 

http://blud.co.id/wp/2018/08/latar-belakang-puskesmas-menjadi-badan-layanan-umum-daerah-blud/