Kebijakan akuntansi meliputi pilihan prinsip-prinsip, dasar-dasar, konvensi, peraturan dan prosedur yang digunakan BLU dalam penyusunan dan penyajian laporan keuangan. Pertimbangan dan atau pemilihan kebijakan akuntansi perlu disesuaikan dengan kondisi BLU. Sasaran pilihan kebijakan yang paling tepat akan menggambarkan kondisi keuangan BLU secara tepat. Pertimbangan pemilihan untuk penerapan kebijakan akuntansi dan penyiapan laporan keuangan oleh manajemen antara lain:

1. Penyajian wajar
   Laporan Keuangan menyajikan dengan wajar Laporan Aktivitas/LRA, Neraca, Laporan Arus Kas, dan Catatan atas Laporan Keuangan. Faktor pertimbangan sehat bagi penyusun laporan keuangan diperlukan ketika menghadapi ketidakpastian peristiwa dan keadaan tertentu. Ketidakpastian seperti itu diakui dengan mengungkapkan hakikat serta tingkatnya dengan menggunakan pertimbangan sehat dalam penyusunan laporan keuangan. Pertimbangan sehat mengandung unsur kehati-hatian pada saat melakukan perkiraan dalam kondisi ketidakpastian, sehingga aset atau pendapatan tidak dinyatakan terlalu tinggi dan kewajiban atau biaya tidak dinyatakan terlalu rendah. Penggunaan pertimbangan sehat tidak memperkenankan pembentukan cadangan tersembunyi atau penyisihan berlebihan, dan sengaja menetapkan aset atau pendapatan yang lebih rendah atau pencatatan kewajiban atau biaya yang lebih tinggi sehingga laporan keuangan menjadi tidak netral dan tidak andal.
2. Substansi Mengungguli Bentuk (Substance Over Form)
   Informasi dimaksudkan untuk menyajikan dengan wajar transaksi serta peristiwa lain yang seharusnya disajikan, maka transaksi atau peristiwa lain tersebut perlu dicatat dan disajikan sesuai dengan substansi dan realitas ekonomi, dan bukan hanya aspek formalitasnya. Apabila substansi transaksi atau peristiwa lain tidak konsisten/berbeda dengan aspek formalitasnya, maka hal tersebut harus diungkapkan dengan jelas dalam CaLK.
3. Materialitas
   Walaupun idealnya memuat segala informasi, laporan keuangan BLU hanya diharuskan memuat informasi yang memenuhi kriteria materialitas. Informasi dipandang material apabila kelalaian untuk mencantumkan atau kesalahan dalam mencatat informasi tersebut dapat mempengaruhi keputusan ekonomi pengguna yang diambil atas dasar laporan keuangan.

BLU menyusun laporan keuangan berdasarkan Standar Akuntansi Keuangan (SAK). BLU merupakan satker kementerian negara/lembaga, oleh karena itu laporan keuangan BLU dikonsolidasikan dengan laporan keuangan kementerian negara/lembaga. Konsolidasi laporan keuangan dapat dilakukan jika digunakan prinsip-prinsip akuntansi yang sama. BLU menggunakan SAK sedangkan laporan keuangan kementerian negara/lembaga menggunakan SAP, karena itu BLU mengembangkan sub sistem akuntansi yang mampu menghasilkan laporan keuangan untuk memenuhi kebutuhan tersebut.