Dana kapitasi dari BPJS digunakan untuk meningkatkan mutu kesehatan masyarakat, sehingga perlu adanya pengaturan untuk pengeloaan dan pemanfaatan dana kapitasi dari BPJS untuk fasilitas kesehatan tingkat pertama (FKTP). Pemerintah menerbitkan Peraturan Presiden (Perpres) No. 32 Tahun 2014 tentang Pengelolaan dan Pemanfaatan Dana Kapitasi JKN pada Fasilitas Kesehatan Tingkat Pertama milik Pemerintah Daerah. Pengelolaan dana kapitasi meliputi kegiatan penganggaran, pelaksanaan, penatausahaan, dan pertanggungjawaban.

Dana kapitasi yang diterima oleh BLUD didukung oleh mekanisme penyaluran dari BPJS sehingga langsung diterima oleh bendahara puskesmas. Puskesmas akan menerima dana kapitasi dari BPJS sebanyak jumlah peserta BPJS yang terdaftar di puskesmas tersebut. Penerimaan dana kapitasi dari BPJS diakui sebagai pendapatan dari FKTP. BPJS kesehatan wajib membayarkan kapitasi kepada FKTP paling lambat tanggal 15 bulan berjalan Dana kapitasi seluruhnya dimanfaatkan untuk jasa pelayanan kesehatan dan biaya operasional pelayanan di puskesmas.

Besaran dana kapitasi yang digunakan untuk jasa pelayanan kesehatan besarnya 60% dari dana kapitasi, sedangkan 40% digunakan untuk biaya operasional pelayanan, sesuai Perpres No 32 Tahun 2014 pasal 12 ayat 4. Jasa pelayanan yang dibayarkan dengan kapitasi berkaitan dengan tenaga kesehatan dan tenaga non kesehatan. Sedangkan untuk biaya operasional kesehatan yang menggunakan dana kapitasi antara lain biaya obat, alat kesehatan, bahan medis habis pakai dan biaya opersional kesehatan lainnya. Prosedur pengeluaran/belanja dari dana kapitasi BPJS, melalui SPP, SPM dan SP2D.

Sisa dana kapitasi pada akhir tahun setelah FKTP menjadi BLUD maka dapat digunakan untuk operasional tahun selanjutnya, namun apabila FKTP belum menjadi BLUD maka sisa dana kapitasi harus dikembalikan kepada kas daerah. Penerimaan dan penggunaan dana kapitasi BPJS diawasi secara berjenjang oleh kepala SKPD Dinas Kesehatan dan Kepala BLUD, da nada juga pengawasan fungsional oleh Aparat Pengawas Internal Pemerintah (APIP).

Dalam hal realisasi pendapatan dan belanja dana kapitasi dicatat dan dilaporkan oleh bendahara puskesmas, kepada kepala puskesmas, untuk disampaikan kepada pemimpin BLUD, kemudian oleh pemimpin BLUD akan disampaikan kepada Kepala DInas Kesehatan. Pengakuan Pendapatan dan belanja dalam laporan realisasi anggaran dilakukan oleh pejabat keuangan, pada Sinas Kesehatan Kabupaten/Kota setelah memperoleh Surat Pengesahan Pendapatan dan Belanja (SP2B) Puskesmas dari PPKD selaku BUD.