Kendala informasi akuntansi dan laporan keuangan merupakan setiap keadaan, dimana tidak mungkin terwujudnya kondisi yang ideal dalam mewujudkan informasi akuntansi dan laporan keuangan yang relevan dan andal akibat keterbatasan (limitations) atau karena alasan-alasan kepraktisan. Informasi yang relevan merupakan informasi yang dapat mempengaruhi keputusan ekonomi pemakai. Sedangkan informasi yang andal merupakan informasi yang tidak menyesatkan serta dapat diverifikasi. Ada tiga hal yang menyebabkan kendala dalam informasi akuntansi dan laporan keuangan BLU/BLUD yang dapat terjadi dalam pelaporan laporan keuangan:

1. Materialitas
Materialitas merupakan ambang batas salah saji informasi yang dapat mempengaruhi pengambilan keputusan. Laporan keuangan pemerintah termasuk laporan keuangan dari BLU/BLUD idealnya memuat segala informasi, namun laporan keuangan tersebut hanya diwajibkan untuk memuat informasi yang memenuhi kriteria materialitas. Disebut memenuhi kriteria yang materialitas apabila kelalaian dalam mencantumkan informasi tersebut tidak mempengaruhi keputusan ekonomi pengguna yang diambil atas dasar laporan keuangan. Dan sebaliknya, apabila kelalaian atau kesalahan dalam menyajikan informasi tersebut mempengaruhi keputusan ekonomi pengguna informasi tersebut maka laporan keuangan tersebut dipandang material.

2. Pertimbangan biaya dan manfaat
Manfaat yang dihasilkan dari informasi seharusnya melebihi dari biaya penyusunananya. Oleh karena itu, laporan keuangan BLU/BLUD tidak seharusnya menyajikan segala informasi yang manfaatnya lebih kecil dari biaya penyusunannya. Namun, evaluasi dari biaya dan manfaat merupakan proses pertimbangan yang substansial. Biaya tersebut tidak hanya dibebankan oleh pengguna informasi yang menikmati manfaat. Namun manfaat tersebut dapat dinikmati juga oleh pengguna lain di samping mereka yang menjadi tujuan dari informasi, misalnya penyediaan informasi lanjutan kepada kreditor mungkin akan mengurangi biaya yang dipikul oleh suatu entitas pelaporan.

3. Keseimbangan antar karakteristik kualitatif
Keseimbangan antar karakteristik kualitatif diperlukan untuk mencapai suatu keseimbangan yang tepat di antara berbagai tujuan normatif yang diharapkan dipenuhi oleh pelaporan keuangan pemerintah. Kepentingan relatif antar karakteristik dalam berbagai kasus berbeda, terutama antara relevansi dan keandalan. Penentuan tingkat kepentingan antar dua karakteristik kualitatif tersebut merupakan masalah pertimbangan professional.