Salah satu prinsip tata kelola Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) ialah independensi. Berdasarkan Kamus Besar Bahasa Indonesia (KBBI) pengertian dari independensi adalah kemandirian yang merupakan hal atau keadaan dapat berdiri sendiri tanpa bergantung pada orang lain. Sesuai dengan Peraturan Kementerian Dalam Negeri Nomor 61 Tahun 2007 tentang Badan Layanan Umum Daerah, independensi merupakan kemandirian pengelolaan organisasi secara profesional tanpa benturan kepentingan dan pengaruh atau tekanan dari pihak manapun yang tidak sesuai dengan peraturan perundang-undangan dan prinsip bisnis yang sehat.

Tata kelola dengan prinsip independensi berfokus pada pengelolaan organisasi secara profesional tanpa adanya kepentingan atau tekanan dari pihak lain serta pengelolaan organisasi dengan prinsip bisnis yang sehat. Pertama, pengelolaan organisasi secara profesional tanpa adanya kepentingan atau tekanan dari pihak lain. Pengelolaan organisasi secara profesional berhubungan dengan manajemen organisasi yang baik. Menurut Luther M Gulick, manajemen organisasi merupakan hal-hal yang berhubungan dengan perencanaan, pelengkapan sumber daya manusia, pengkoordinasian, penyusunan anggaran, dan pelaporan. Perencanaan pada Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) yakni penyusunan Rencana Strategis Binis (RSB) untuk perencanaan 5 (lima) tahunan serta Rencana Bisnis dan Anggaran (RSB) untuk perencanaan 1 (satu) tahunan. Pada kedua dokumen perencanaan tersebut tercantum perencanaan non keuangan dan keuangan. Perencanaan non keuangan misalnya terdiri atas sumber daya manusia, pengadaan barang dan jasa serta sebagainya. Perencanaan non keuangan sebaiknya organisasi menghindari pengadaan barang dan jasa atau perekrutan sumber daya manusia atas kepentingan dan tekanan pihak tertentu guna memperkaya diri sendiri. Dalam penyusunan rencana keuangan yakni anggaran dan pelaporan keuangan juga harus berfokus pada kebutuhan kegiatan pelayanan guna meningkatkan kuantitas dan kualitas hidup masyakarat. Organisasi tidak diperbolehkan menambah atau mengurangi anggaran atas dasar permintaan atau tekanan dari pihak lain. Begitupun laporan keuangan, sebaiknya melaporkan kondisi keuangan sesuai dengan kejadian nyata tanpa memanipulasi data guna kepentingan pihak tertentu.

Kedua, tata kelola dengan prinsip independensi dengan berfokus pada pengelolaan organisasi dengan prinsip bisnis yang sehat. Organisasi melakukan kegiatan pelayanan dengan prinsip efektif dan efisien. Pada organisasi sektor publik seperti Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) yang tidak berorientasi profit maka pengertian dari efektif yakni output atau keluaran yang dihasilkan dari penggunaan sumber daya. Sedangkan efisien yakni outcome atau dampak atas penggunaan sumber daya. Pengelolaan organisasi dengan efektif dan efisien guna meningkatkan kuantitas dan kualitas pelayanan masyarakat tanpa memperhitungkan kepentingan dan tekanan pihak lain.

Apabila pengelolaan organisasi atas dasar kepentingan dan tekanan pihak tertentu maka hal ini sama saja dengan korupsi. Dikatakan korupsi karena tindakan tersebut merugikan negara dengan cara memperkaya pribadi tertentu. Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) melalui laman kpk.go.id memberikan beberapa upaya yang dapat dilakukan untuk menghindari konflik kepentingan. Pertama, semua pengelola organisasi tak henti-hentinya menyadarkan akan bahaya korupsi dan dampak negatifnya terhadap kehidupan mereka dalam segala aspeknya, baik dalam hidup bermasyarakat, berbangsa dan bernegara, lebih-lebih terhadap agama. Kedua, menggunakan sistem pemerintahan berbasis elektronik yang telah disediakan serta kontrol dari satuan pemeriksaan intern yang merupakan unit kerja yang berkedudukan langsung di bawah pemimpin Badan Layanan Umum Daerah (BLUD).