Pertama Fleksibilitas pelaksanaan anggaran, termasuk pengelolaan pendapatan dan belanja, pengelolaan kas, dan pengadaan barang dan jasa.

Terletak kepada pengelolaan keuangan yang mandiri, maksudnya adalah pendapatan operasional tidak lagi disetor ke daerah, namun dikelola sendiri dengan catatan sudah adanya regulasi mengenai PPK BLU/BLUD. Fleksibilitas badan layanan umum ini juga membebaskan mengenai penggunaan biayanya selama tidak melebihi pagu yang ditetapkan di dalam RKA BLUD.

FLeksibilitas badan layanan umum masih terkait dengan anggaran daerah, keterkaitan ini ada di pagu belanja pegawai, barang jasa dan modal. Maksudnya adalah bahwa fleksibilitas badan layanan umum ini tidak bebas merdeka 100%, tetap ada aturan sebab BLU/BLUD ini adalah satker yang hidup di dua alam, masih menjadi milik daerah namun harus menjalankan bisnis yang sehat.

Menjadi milik daerah berarti harus mengikuti aturan yang sudah ada sebelumnya, sedangkan menjalankan bisnis yang sehat berarti akan menyebabkan peningkatan pelayanan yang akan berdampak kepada adanya surplus/ defisit. Dengan kata lain Fleksibilitas badan layanan umum hanya berada pada Pola Pengelolaan Keuangan yang berbeda.

Kedua Mempekerjakan tenaga professional non PNS

Ketiga Pegawai BLUD berhak menerima imbalan jasa sesuai dengan kontribusinya (remunerasi).

Pejabat pengelola BL.UD, dewan pengawas, sekretaris dewan pengawas dan pegawai BLUD dapat diberikan remunerasi sesuai dengan tingkat tanggungjawab dan tuntutan profesionalisme yang diperlukan. Remunerasi merupakan imbalan kerja yang dapat berupa gaji, tunjangan tetap, honorarium, insentif, bonus atas prestasi, pesangon, dan/atau pensiun. Remunerasi bagi dewan pengawas dan sekretaris dewan pengawas diberikan dalam bentuk honorarium. Remunerasi untuk BLUD-SKPD ditetapkan oleh kepala daerah berdasarkan usulan yang disampaikan oleh pemimpin BLUD-SKPD melalui sekretaris daerah. Remunerasi untuk BLUD-Unit Kerja ditetapkan oleh kepala daerah berdasarkan usulan pemimpin BLUD-Unit Kerja melalui kepala SKPD.

Kewajiban-kewajiban yang harus dilaksanakan oleh BLU/BLUD meliputui:

1. Meningkatkan kinerja pelayanan bagi masyarakat
2. Meningkatkan kinerja keuangan
3. Meningkatkan manfaat bagi masyarakat
4. Menghitung harga pokok dari layanannya dengan kualitas dan kuantitas yang distandarkan oleh menteri teknis pembina.
5. Menghitung dan menyajikan anggaran yang digunakan dalam kaitannya dengan layanan yang telah direalisasikan

Sumber : 

Permendagri Nomor 61 Tahun 2007 Tentang Pedoman Teknis Pengelolaan Keuangan BLUD

http://blud.co.id/wp/2018/07/hak-dan-kewajiban-badan-layanan-umum-daerah/