Berdasarkan Pasal 38 Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 79 Tahun 2018 tentang Badan Layanan Umum Daerah (BLUD), tata kelola yang mengatur tata kelola Unit Pelaksana Teknis Dinas / Badan Daerah yang akan menerapkan BLUD dan ditetapkan dengan Peraturan Kepala Daerah. Selanjutnya sesuai dengan Pasal 39 dan Pasal 40  Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 79 Tahun 2018 disebutkan bahwa tata kelola memuat antara lain :

1. Kelembagaan yang memuat jabatan, pembagian tugas, tanggung jawab, hubungan kerja dan wewenang.
2. Prosedur kerja yang memuat ketentuan hubungan dan penempatan kerja antar jabatan dan fungsi.
3. Pengelompokan fungsi yang menerima pembagian fungsi dan fungsi pendukung yang sesuai dengan prinsip pengawasan internal untuk efektivitasitas pencapaian.
4. Pengelolaan Sumber Daya Manusia yang Berwawasan tentang pengelolaan sumber daya manusia yang berorientasi pada peningkatan pelayanan kepada masyarakat.

Tata Kelola BLUD Puskesmas ditetapkan dengan Peraturan Kepala Daerah.  Sebelum ditetapkan menjadi Peraturan Kepala Daerah, Tata Kelola BLUD Puskesmas ini disusun dan ditandatangani oleh Kepala Puskesmas untuk maju dalam tahap selanjutnya yang ditentukan.

Tujuan Penerapan Tata Kelola

Tata Kelola yang diterapkan pada Badan Layanan Umum Daerah yang diusulkan oleh Puskesmas untuk :

1. Memaksimalkan nilai puskesmas dengan cara yang disetujui, akuntabilitas, tanggung jawab dan independensi, agar puskesmas memiliki daya saing yang kuat.
2. Mendorong pengelolaan puskesmas secara profesional, transparan dan efisien, serta memberdayakan fungsi dan peningkatan kemandirian organ puskesmas.
3. Mendorong agar organ puskesmas dalam membuat keputusan dan menjalankan kegiatan senantiasa dilandasi dengan nilai moral yang tinggi dan sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku, serta kesadaran atas pertanggungjawaban sosial puskesmas terhadap pemangku kepentingan.
4. Meningkatkan kontribusi puskesmas dalam mendukung kesejahteraan masyarakat melalui pelayanan kesehatan.

Ruang Lingkup Tata Kelola

Ruang Lingkup tata kelola puskesmas meliputi peraturan internal puskesmas dalam menerapkan BLUD. Tata kelola dimaksudkan mengatur hubungan antara organ Puskesmas sebagai UPT yang mewajibkan BLUD, yaitu Kepala OPD, Pemerintah Daerah, Dewan Pengawas, dan Pejabat Pengelola serta Pegawai mengikuti tugas, fungsi, pertanggungjawaban, pengajuan, kewenangan dan haknya masing-masing.