Perbedaan yang paling signifikan pada sektor kesehatan sejak adanya era otonomi adalah berubahnya status kepegawaian PNS pada sektor kesehatan (Dinas Kesehatan dan Rumah Sakit) dari PNS Departemen Kesehatan menjadi PNS Daerah. Namun secara substansial bahwa desentralisasi urusan kesehatan ini menyisakan beberapa persoalan. Terdapat kebingungan para pemangku kepentingan sektor kesehatan di daerah dengan adanya dua induk. Satu terkait dengan aturan-aturan birokrasi aparatur pemerintah yang harus tunduk dan patuh terhadap ketentuan-ketentuan yang dikeluarkan oleh Kementerian Dalam Negeri, sementara satu lagi harus tetap mempedomani standar, aturan dan ketentuan dari kementerian teknis sektor kesehatan yaitu Kementrian Kesehatan. Dalam Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 41 Tahun 2007 tentang Organisasi Pemerintah Daerah (OPD) jelas disebutkan bahwa perangkat daerah terdiri dari : Sekretariat Daerah, Sekretariat DPRD, Inspektorat, BAPPEDA, Dinas, Lembaga Teknis Daerah (LTD) dan Kecamatan. Lembaga Teknis Daerah bisa berbentuk Badan, Kantor dan RUMAH SAKIT. Sehingga jelas kedudukan RSUD adalah sebagai Lembaga Teknis Daerah yang dipimpin oleh seorang direktur yang bertanggungjawab langsung kepada Kepala Daerah melalui Sekretaris Daerah (PP 41/2007 Pasal 8 dan Pasal 15). Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah pada Pasal 43 yang secara substansi menyatakan bahwa terdapat Unit Pelaksana Teknis Dinas Daerah Kabupaten/Kota di bidang kesehatan berupa rumah sakit Daerah kabupaten/kota dan pusat kesehatan masyarakat sebagai unit organisasi bersifat fungsional dan unit layanan yang bekerja secara profesional. Sampai disini sebenarnya berakhirnya riwayat Lembaga Teknis Daerah yaitu RSUD dan berubah bentuk menjadi UPTD dibawah Dinas Kesehatan Kabupaten/Kota. Rumah Sakit Daerah sebagai sebuah lembaga dibawah Bupati/Walikota langsung dan berubah menjadi hanya sebuah unit dibawah Kepala Dinas Kesehatan Kabupaten/Kota. Pada Pasal 44 PP Nomor 18 Tahun 2016 merupakan penegasan bahwa RSUD dipimpin oleh direktur rumah sakit Daerah kabupaten/kota, bersifat otonom dalam penyelenggaraan tata kelola rumah sakit dan tata kelola klinis serta menerapkan pola pengelolaan keuangan badan layanan umum Daerah (PPK-BLUD).