Era reformasi tahun 1998 telah membuka wacana perubahan manajemen keuangan pemerintah. Terkait pelaksanaan otonomi daerah, pemerintah mengeluarkan Undang Undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah dan Undang Undang Nomor 25 Tahun 1999 tentang Perimbangan Keuangan antara Pemerintah Pusat dan Pemerintah Daerah. Untuk mendukung pelaksanaan UU tersebut, pemerintah pusat mengeluarkan:

1. Peraturan Pemerintah Nomor 104 Tahun 2000 tentang Dana Perimbangan.
2. Peraturan Pemerintah Nomor 105 Tahun 2000 tentang Pengelolaan dan Pertanggungjawaban Keuangan Daerah.
3. Peraturan Pemerintah Nomor 107 Tahun 2000 tentang Pinjaman Daerah.
4. Peraturan Pemerintah Nomor 108 Tahun 2000 tentang Tata Cara Pertanggungjawaban Kepala Daerah.
5. Surat Menteri Dalam Negeri dan Otonomi Daerah tanggal 17 Nopember 2000 Nomor 903/2735/SJ tentang Pedoman Umum Penyusunan dan Pelaksanaan APBD Tahun Anggaran 2001.
6. Permendagri Nomor 29 Tahun 2002 tentang Pedoman Pengurusan Pertanggungjawaban dan Pengawasan Keuangan Daerah, serta Tata Cara Penyusunan Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah, Pelaksanaan Tata Cara Penyusunan Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah, Pelaksanaan Tata Usaha Keuangan Daerah, serta Penyusunan Perhitungan Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah.

Selanjutnya pemerintah pusat mengeluarkan 2 (dua) UU yang berhubungan dengan keuangan dan perbendaharaan negara yaitu:

1. Undang-Undang Nomor 17 Tahun 2003 tentang Keuangan Negara.
2. Undang-Undang Nomor 1 Tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara.

Berdasarkan UU dan peraturan-peraturan tersebut, pengelolaan keuangan daerah di era reformasi memiliki karakteristik sebagai berikut:

1. Pengertian Daerah adalah provinsi dan kota atau kabupaten.
2. Pengertian pemda adalah kepala daerah beserta perangkat lainnya. Pemda yang dimaksud di sini adalah badan eksekutif, sedangkan badan legislatif adalah DPRD (UU Nomor 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah). Jadi terdapat pemisahan yang antara legislatif dan eksekutif.
3. Perhitungan APBD menjadi satu dengan pertanggungjawaban kepala daerah (PP Nomor 108 Tahun 2000 tentang Tata Pertanggungjawaban Kepala Daerah).
4. Bentuk laporan pertanggungjawaban akhir tahun anggaran terdiri atas:
5. Laporan Perhitungan APBD.
6. Nota Perhitungan APBD.
7. Laporan Arus Kas.
8. Neraca Daerah. Dilengkapi dengan penilaian kinerja berdasarkan tolok ukur Rencana Strategis (Renstra) (Pasal 38 PP Nomor 105 Tahun 2000)

Pinjaman APBD tidak lagi masuk dalam akun Pendapatan (yang menunjukkan hak pemda), tetapi masuk dalam akun Penerimaan (yang belum tentu menjadi hak pemda)