Dengan mengacu pada Pasal 32 ayat (2) Peraturan Pemerintah Nomor 23 Tahun 2005 dan Pasal 6 ayat (2) Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 79 Tahun 2018, Kepala UPT Puskesmas bertindak sebagai Pemimpin Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) Puskesmas.

Karakteristik Pengangkatan dan pemberhentian Pemimpin BLUD adalah sebagai berikut :

1. Pemimpin BLUD Puskesmas diangkat dan diberhentikan oleh Kepala Daerah.
2. Pemimpin BLUD Puskesmas bertanggung jawab kepada Kepala Daerah.
3. Pemimpin BLUD diangkat dari pegawai negeri sipil dan / atau pegawai pemerintah dengan perjanjian kerja, sesuai dengan ketentuan perundang - undangan.
4. BLUD Puskesmas dapat mengangkat pemimpin BLUD dari profesional lainnya sesuai kebutuhan profesionalitas, kemampuan keuangan dan berdasarkan prinsip efisiensi, ekonomis, dan produktif dalam meningkatkan pelayanan.
5. Pemimpin BLUD Puskesmas yang berasal dari tenaga profesional lainnya dapat dipekerjakan secara kontrak atau tetap.
6. Pemimpin BLUD Puskesmas dari tenaga profesional lainnya diangkat untuk masa jabatan paling lama 5 ( lima ) tahun dan dapat ditunjuk kembali untuk 1 ( satu ) kali periode masa jabatan berikutnya jika paling tinggi berusia 60 ( enam puluh ) tahun.
7. Standar Kompetensi Pemimpin BLUD Puskesmas

• Beriman dan bertaqwa kepada Tuhan Yang Maha Esa.
• Berijazah setidak-tidaknya Strata Satu (S-1) dibidang Kesehatan.
• Sehat jasmani dan rohani.
• Mampu memimpin, membina, mengkoordinasikan dan mengawasi kegiatan Puskesmas dengan seksama.
• Mampu melakukan pengendalian terhadap tugas dan kegiatan Puskesmas sedemikian rupa sehingga dapat berjalan dengan lancar, efektif, efisien dan berkelanjutan.
• Cakap menyusun kebijakan strategis Puskesmas dalam meningkatkan pelayanan kesehatan kepada masyarakat.
• Mampu merumuskan visi, misi, dan program Puskesmas yang jelas dan dapat diterapkan, diantaranya meliputi :
• Peningkatan kreativitas, prestasi, dan akhlak mulia Insan Puskesmas.
• Penciptaan suasana puskesmas yang asri, aman, dan indah.
• Peningkatan kualitas tenaga medis, paramedis, dan non medis puskesmas.
• Pelaksanaan efektivitas, efisiensi, dan akuntabilitas program .